何正臣自幼颖悟过人，誉为神童。北宋庆历八年（1048年）8岁时，应戊子童子科御前诵九经，皇赐授童子出身。治平二年（1065年）赴乙已童子科试，名列榜首，赐官将士郎，任湖口县（今江西湖口县）主簿。治平三年（1066年）赴丙午乡试，名列前五名，考中漕魁举人，任江东转运司。治平四年（1067年）赴未会试，考中进士。熙宁二年（1069年）任郡州（今河南安阳市）司法参军。熙宁七年（1074年）五月任袁州（今江西宜春市）军事判官。元丰五年（1082年）二月任官通知郎、宝文阁侍制，吏部侍郎。是年三月，任金殿诏命传胪。元符元年（1098年）改任宣州（今安徽宣城市）知府。北宋元符三年（1100年）病逝，终年59岁。

宋嘉祐年间，正臣返乡，宋仁宗皇帝曾赋诗《赐神童何正臣还乡歌》赠送正臣。后来北宋丞相王安石、安抚使王校理、太史黄山谷均赋诗相赠，誉为神童正臣。何若谷族弟，何昌言叔父。英宗治平四年（1067）进士（明隆庆《临江府志》卷一○）。神宗元丰元年（1078），用荐为御史里行（《续资治通鉴长编》卷二九○），擢侍御史知杂事。四年，知审官东院、吏部侍郎。五年，出知潭州（同上书卷三二六）。哲宗元祐四年（1089），历知洪州、饶州、宣州。元符二年卒（同上书卷五○七）。《宋史》卷三二九有传。