唐文明元年（公元684年），尉迟恭之后裔尉迟宝庆因受薛刚反唐之牵连避难于此地，围垦筑寨，取其姓名首尾二字为余庆，余庆由此得名。此后逐渐有移民定居，加上官府流放大量犯人到此垦殖，逐步形成沿海一村落。

开元四年（公元716年），始建盐亭。

大历中黜陟使李承实巡查此地，在此围垦筑堤设灶煮盐，余东由此又有其别名“李灶”。

乾符二年（公元875年），余东建制余庆寨，与狼山、石港、蔡港、西寨同为通州兵防五要塞。

北宋太平兴国年间（公元976-983年），余东盐业兴旺，苏、皖、浙、晋等各地商贾相继来此开店经营，络绎成市，建余庆场。

元代（公元1271—1368年），由于江海潮起潮落，大片陆地相连出现，余庆因位于余中沙之东，更名为余东，此名一直沿用至今。当时两淮计有29个盐场，余东场为其一。

余东因其地域滨江临海，历为兵防要塞，明洪武年间（公元1371年），信国公汤和奉命在此建城，大兴土木。整个余东城河环绕，以河为界，城内城外各建十庙，无城墙但有四个城楼（东城门魁星楼，又名镇海楼，南城门三义楼，西城门火神楼，北城门真武楼），五处牌坊，堂、会、院等一应俱全。余东发展到了一个鼎盛时期，已由一个自然集镇发展成为官方建制镇。因余东城总体格局形似凤凰，故余东又名凤城。一首旧时民谣可以反映鼎盛时期余东城的全貌：

余东城，好风光，它有四城踞四方；

城里城外各十庙，五山五坊三条港；

四河七桥四池塘，还有青墩双井庄；

亭台楼阁堂会院，凤城福地美名扬。

明正统、嘉靖年间余东城虽经修建，但凤城格局和主体建筑一直保存至清朝初期。

清代，为两淮盐业鼎盛时期，乾隆三十三年（公元1768年），两淮共有23个盐场，余东场为其一。余东、吕四二盐场盐质冠于两淮，号为“余吕真梁”，成为朝廷贡品，畅销全国，余东遂成为清代淮南的一个盐业重镇。盐业的不断发展，促进了工商业的繁荣，又使余东成为古通州的一个工商业重镇。

余东曾是南通地区土布纺织业中心，是蓝印花布的发源地，所生产的芙蓉衫、芙蓉手巾都成为朝廷贡品，并远销东南亚。

乾隆四年（1739年），余东城遭到灭风大潮，原有格局遭到部分破坏，但仍存四城楼。据记载，余东城曾有108座大门堂，其中10多座悬挂有皇帝御赐的各种匾额（文革期间均遭破坏）。

清末民初，由于海岸东移，盐业淡出，许多余东人撤灶务农。但至解放前，余东一直作为通东地区（南通市东部一带）的政治、经济、文化中心。

1903年，张謇在余东盐河桥东建办了通东惟一的高等小学南通县立第九高等小学。1928年，通东第一个中国共产党党支部在余东小学成立。

1948年5月，余东胜利解放，成为海门地区唯一通过武装斗争取得解放的乡镇。

余东解放后，原富余区人民政府改为富余区公所，1952年富余区更名为余东区，

1957年全县撤区并乡建余东乡人民委员会，1958年10月1日成立余东人民公社（设管委会），

1963年2月另建余东镇人民委员会（两套班子两处办公），

3年后撤镇恢复人民公社，1967年初公社机构由于文化大革命的冲击而瘫痪， 1968年4月由人武部建公社革命委员会，

1981年10月撤消革委会重建管委会，

1983年10月公社改乡，1986年10月撤乡建镇并一直沿袭至今。

现存古镇格局

现存余东古镇区，面积0.89平方公里，为明代余东城所在地。原有的四城门、十庙、五山、五牌坊虽已不存在，但仍能保持明清时期余东城“中轴对称，城河相拥”的基本格局：

（1）古城原有的基本框架依旧：

古代的街巷肌理基本保存完整，最突出的是由2146块石板铺成的南北长街（兼下水道、藏兵洞），共有876米长仍在，街巷两侧当年的商铺旧宅多数仍在；古护城河除南运河段于上世纪80年代被改为水泥马路外，其余三段保存完整，河岸的自然风貌仍在；另有古桥两座、古井十多口——这些都依旧显示了古城原有的基本框架。

（2）因盐成邑的城镇体系仍能体现：

现存古运盐河和两个盐码头，原有盐仓、盐店、盐栈等在上世纪八九十年代才被破坏，遗址尚在——这些都较好地体现了余东因盐成邑的城镇体系。

（3）古城原有的功能格局得到反映：

石板街两旁原为商铺，现仍零星存有商店；原有的主要宗教场所东岳庙至今香火很旺；原有的私塾，建筑尚存；原有的衙署及仓储等功能场所的遗址基本保留；核心区内以居住为主，仍存几处大门堂，民居虽为各个时期所建，但80%以上为一层建筑——这些都比较完整地体现了古城的原有功能格局。

现存重要文物建筑及历史建筑

余东镇拥有各级文物保护单位7处，还有少量的明代历史建筑及大量的清代及近代的历史建筑。

文物建筑

（1）法光寺建筑群

法光寺，古称东岳庙，始建于明万历年间（1573-1620），是海门区内唯一留存的明代古刹。现有殿宇50余间，其中，天王殿为明代建筑，山门为清代建筑。1984年，政府出资对寺庙进行整修，恢复了10个侧殿，并复建了大雄宝殿、藏经楼、念佛楼、僧寮楼，现已成为通东地区规模最大的庙宇。

法光寺建筑群现包括文昌阁和芙蓉池。文昌阁，古称文昌宫，儒教胜地，内供文曲星、孔子和朱熹塑像，始建于明代，抗战期间被毁，现存文昌阁为2001年复建。据《张氏家谱》记载，芙蓉池为文昌阁同期所建。现存芙蓉池已被整修一新，并于池中央增建了湖心亭、九曲桥等设施。

法光寺建筑群，反映了余东古镇不同时期的建筑风格，同时也体现了一种特有的儒释道三教合一和谐共处的宗教文化，为苏中、苏北地区所罕见。

（2）十余处保存尚好的明清时代民居

十余处保存尚好的明清时代民居包括：明武进士故居、范氏宅院、江村故居、郭家银楼、郭家宅院、张氏私塾、大夫第宅院、王家宅院、震丰恒布庄、江家客栈等。以建筑单体遗存为主，少数几个有独立院落，建筑的规格等级普遍较低，但其木锧柱础、牛角形屋脊（当地又称凤尾）、屋面坡度等建筑形制体现了南通地区建筑特有的古朴遗风。

历史建筑

以育婴堂、钱粮房、白玉池澡堂、崔桐故居遗址、盐仓遗址等为代表，体现了南通地区历史建筑的明清遗风。

是中国古代因盐成邑的一个代表，是明清时期两淮地区的一座盐业重镇，是明清两淮盐业商贸链起始端的代表。

曾位于出江入海口的余东镇，是南通地区唯一保存城河环绕格局的古镇，对研究南通地区历史具有重要意义。

明初为兵防而建余东城，有助于了解明初兵防要塞小镇的城镇格局及其发展过程。余东镇的大量民间建筑遗存反映了古代江苏沿海地区人民抵御海潮、台风等侵蚀的技术成就。

余东是通东文化的荟萃之地，现存有明、清、民国及近代各个时期的建筑，大门堂、木锧柱础、牛角屋脊等建筑形制，反映了南通地区普通民居的地域特色及其明清至近代的演变过程。这部分建筑遗产是南通沿海地区不同时期的历史证物。

余东古镇，体现了中国古代位于社会底层的盐民生活，挖掘他们的奋斗历史，能够为当代建设和谐社会提供借鉴。

法光寺集儒释道三教于一庙，体现了东南沿海地区至今仍然存在的三教合一的宗教文化，是当代世俗文化的一部分，也是当代构建和谐社会推动经济发展的文化资源。