更新时间：2023-02-20 15:53
余亚农长兄余申甫及次兄余丹甫去安庆新军制安徽武备练军学堂就读。武备学堂改陆军小学后，在兄长的影响下，（1904年）考入该校。两年后，徐锡麟任安徽陆军小学堂会办，暗中号召推翻清廷专制政权，他受其革命思想的启蒙。
陆军小学毕业，升入北京清河镇陆军第一中学。两年后，入保定军官学校入伍生队学习。1910年秘密参加了同盟会。
武昌起义前夕，余亚农受吴禄贞之命，去汉阳联系湖北新军起事。在汉阳，因起事日期尚未最后确定，乃离鄂返皖，进行联络。时值合肥光复，其次兄及孙品骖等人在合肥大同书院成立军政府庐州分府，前去襄助。后南京临时政府成立，余亚农被推为全椒民军司令，复应聘为第1军训练处代理处长。
1912年2月，被解除第一军职务，调入刚成立的保定军校学习。1913年7月，孙中山组织武装讨袁，发动“二次革命”，安徽宣布独立。他闻讯后离校南下，投入讨袁淮上军张孟介（汇滔）部任营长。9月，“二次革命”失败，他追随张汇滔逃亡去沪。1914年7月8日，他响应孙中山号召，赴日本东京参加中华革命党成立大会。返沪后，联络同志，图谋起事。王亚樵议爆炸北京政府，迫袁退位，孙中山未予同意。王亚樵乃命余亚农在上海吕斑路文德里秘密制造炸弹，拟去爆炸上海警察厅，然后举事。不料火药爆炸，余亚农面、腿均受伤，因而被法租界巡捕房拘留3个月，被释后，仍在沪、粤过流亡生活。
1917年，护法运动期间，他曾投滇军方声涛部，任夏述唐旅参谋。国共两党合作后，他返回安徽，与孙品骖等人发动“讨曹（锟）驱马（联甲）”运动，后因奉军进攻而失败，孙品骖下野，他只身走保定，去天津。不久即自天津投奔国民军第5军方振武部，初任参议。1926年3月，任第二（混成）旅第6团团长。9月，国民联军成立，五军余部被整编为国民联军第二军，他任第二军第八旅旅长。
1926年9月，冯玉祥于五原誓师，参加北伐。国民联军出兵援陕，解西安之围。余亚农率全师官兵经察、绥、宁而援陕，解救了被围困8个月的杨虎城部。1927年春，他率部经三原，出潼关，进驻襄樊。此时，冯玉祥部国民军改隶蒋介石指挥，国民联军加入国民革命军，改编为第二集团军，宣布全军集体加入国民党，参加北伐。方振武所部第二军扩编为第三方面军，隶属第二集团军，余亚农升任第一军第三师师长。
1928年3月，南京政府二次北伐，方振武所部此时已改编为第一集团军第四军团，他改任第三十四军八十九师师长。
1929年1月，国民革命军各部缩编。八十九师被缩编为四十四师一三一旅，他任旅长，调驻安庆集贤关。8月，余亚农调任四十五师一三四旅旅长。
中原大战爆发后，余亚农乘船去天津转郑州，被冯玉祥委为豫皖边区第一路军司令，活动于中原。后因为蒋介石分化瓦解，重返上海。
“九·一八”事变后，王亚樵秘密组织铁血锄奸团，以锄杀汉奸、日军特务为己任，并发动工人、学生、市民抵制日货，检查奸商。他在团中分工负责政治，专事抗日宣传，并调查了解日谍、汉奸情况，以作为打击对象。民国22年5月，参加冯玉祥领导的抗日同盟军，任援助沽源及多伦的预备队司令。失败后回到上海。同年冬，福建事变发生，他星夜赶往福州，被委为二十九路军总指挥。但该军未成立，事变便告失败，他又回上海继续从事秘密反蒋活动。1935年11月1日，孙凤鸣于国民党四届六中全会上刺伤汪精卫，引起全国震动。戴笠亲自带人去香港要求港方引渡王亚樵等人。余亚农与郑抱真等人伴王亚樵自水路出逃，经西江直驶广西梧州李济琛圩子。
1936年8月，余亚农受李济琛领导的民族革命大同盟委托与张献廷持密信去延安，联系反蒋，受到了周恩来、李克农的热情接待，毛泽东、朱德还亲自为他饯行。在他返回梧州时，王亚樵已被蒋帮特务所暗杀。
1938年春，余亚农任皖北人民抗日自卫军第五路指挥。因余亚农与新四军第6支队司令员彭雪枫合作较好，遭国民党内反共顽固派忌恨，同年冬自卫军为广西军黄瑞华、蒙若刚部包围缴械。他被逮捕后，经安徽省民众总动员委员会及社会人士营救始获释，在淮北经商耕地，以资糊口。李品仙、廖磊数次说其出山，均遭拒绝。
日军投降后，应中共华中局邓子恢之邀，赴苏北与蔡蹈和、郑抱真等共商大计。回沪，经沈钧儒、沈志远介绍，加入民主同盟，复以“民革”名义开展兵运工作。1949年冬，他与中共地下工作者一起在宁、沪、芜间进行策动起义活动，以协助大军渡江。
中华人民共和国成立后，先后任华东军政委员会委员、皖北政治协商委员会副主席、皖北行署监委会副主任、安徽省人民政府委员、副省长等职。
1959年去世，享年72岁。
中共安徽省委员会在余亚农病危时，根据他本人的请求，批准他为中国共产党正式党员。