运动生涯

余学毅曾效力于天津泰达足球俱乐部。入选天津泰达2013赛季名单。

2014年，余学毅租借加盟以历届泰达预备队球员为班底的天津华瑞德队。

2021年5月21日，中国足球乙级联赛第二轮，山西龙晋队2:0击败绍兴柯桥越甲队。这是时隔两年后，山西男足在职业联赛取得的首场胜利。开场21分钟，山西队余学毅在小禁区内接到队友的传中球，头球敲开了对手城门。

2022年，余学毅加盟长春申华足球俱乐部。

2024年3月7日，加盟广西蓝航足球俱乐部。

2024年3月24日，中乙预赛阶段第1轮，第33分钟，余学毅罚入点球，最终帮助广西蓝航2-2战平广西恒宸。3月30日，中乙预赛阶段第2轮，余学毅破门，最终广西蓝航以1-2不敌广东广州豹。5月26日，中乙预赛阶段第9轮，程辉助攻余学毅打入一球，帮助广西蓝航以1-0战胜赣州瑞狮。6月15日，中乙预赛阶段第12轮，余学毅破门，帮助广西蓝航2-2战平海口名城。9月7日，中乙决赛阶段第22轮，余学毅双响，帮助广西蓝航3-2逆转西安崇德荣海。9月22日，中乙决赛阶段第24轮，第83分钟，余学毅罚入点球，最终广西蓝航主场2-2日照宇启。10月5日，中乙决赛阶段第26轮，第59分钟，余学毅助攻，最终广西蓝航主场1-1北京理工。10月19日，中乙决赛阶段第28轮，第55分钟，余学毅打入一球，最终广西蓝航以2比1战胜泰安天贶。