1949年，考进长沙一所新建小学当起了教员。当年报考解放军四野后勤军需学校录取。军需学校主要为军队和地方培养财务人员。在经过一年左右的劳动锻炼、政治学习和业务培训后，余秉坚被分派到当时的中南军政委员会财政部，在经济建设财务处从事企业财务管理工作。1952年，余秉坚又被选调入中央财政部的经济建设财务司工作。

1956年，毛主席到财政部调研，提出财政部要进行学科研究，应成立科研机构，财政部财政科学研究所应运而生。余秉坚又被抽调入财科所从事企业财务管理研究，开始了他10年的科研生涯，这也使他有了更多时间充实自己的财务管理理论知识。

1969年他被下放湖北沙洋的五七干校，到1972年。

1972年夏天，一纸调令将余秉坚从水田中送到湖北省财政厅企业财务处。