1933年元月，国民党军阀纠集了三个团的兵力进犯中央苏区。侯世奎所在的红五军团第十三师作为红军主力在金溪黄狮渡担任阻击，牵制三倍于己的敌军。1月8日，敌军600多人向侯世奎所在连的防守阵地发起猛烈攻击，侯世奎指挥全连战士，利用居高临下的有利地形，灵活机动地打击敌人，连续4次击退敌人冲击。次日下午，敌人又纠集全部兵力，在强大炮火掩护下，再次疯狂地发起攻击，战斗更加激烈残酷。侯世奎指挥的连队在弹尽粮绝伤亡大的情况下，仍发扬英勇顽强的大无畏精神，与敌人拼刺搏斗，浴血奋战，终于击败了敌人。战后，侯世奎指挥的连被上级授予“青年模范连”称号。

1934年10月，红一方面军开始长征。侯世奎所在的红34师（绝命后卫师，师长陈树湘），担任全方面军长征时的后卫警诫、收容掉队人员等任务。侯世奎任红34师一〇〇团（团长韩伟）第二营营长，参加了惨烈的湘江战役。11月，该师刚进至湘江封锁线，突遭敌人阻击，因与前面部队相距较远，失去联系，该师官兵虽与敌人拼死搏斗，仍遗失利，大部分指战员壮烈牺牲。为了掩护师突围和转移，韩伟和侯世奎，将全团不足1个营的兵力集合起来，编成3个连，由两人直接指挥，并重新任命了连、排干部。他们向部队做了动员，要求全体指战员发扬红34师打不垮、拖不烂的光荣传统，在最困难的时候，要看到光明，树立信心，争取胜利；要求每个同志，特别是党团员和干部，要身先士卒，冲锋在前，不怕流血牺牲，坚决完成掩护师突围的任务。干部战士摩拳擦掌，士气高昂，决心为牺牲的战友们报仇，充分表现了红军战士压倒一切敌人的英雄气概和一往无前的革命精神。红34师干部中，幸存活到新中国成立并在1955年第一次授衔时，被授予将军的有时任师政治部主任、代政委朱良才，第一〇〇团团长韩伟，第一〇〇团第二营营长侯世奎，分别被授予上将、中将、少将军衔。湘江战役后，侯世奎不幸负伤后被敌人俘。他先被送到衡阳关押，不久又押到昆明监狱受刑，历时三年之久。在狱中，残暴的敌人为了向他拷问红军的情况，施用了各种酷刑，致使他的身体受到严重的摧残，特别是由于敌人的严刑损伤了他的神经系统，使他患上了癫痫症。敌人可以摧残他的身体，但无法摧毁他坚强的革命意志。他坚贞不屈，始终没有吐露红军的任何秘密，经受住了严峻的考验。

1937年，七七事变发生后，国民党反动派释放了侯世奎。获释后，侯世奎立即从昆明北上，去寻找共产党和八路军。

1938年3月，经过数千里转，历尽限难险阻，侯世奎到达八路军驻西安办事处，转赴延安，回到了革命队伍。侯世奎到达延安后，先入抗大学习，并接受组织审查。当八路军领导机关确认他在被捕关押期间没有任何问题，是一个坚强的革命者后，便派他赴山东敌后，任八路军第一一五师第七团第二营营长，后任八路军山东纵队第二旅第六团第三营营长，并展抗日游击战争。在日本鬼子重重包围、国民党掀起反共高潮、汉奸不时出没捣乱的严峻形势下，侯世奎及其所在部队在上级组织的领导下，坚持开展敌后工作，出色完成了任务。在天宝山战斗、甲子山战役中，侯世奎率部打得勇猛顽强，沉重打击了日本侵略军，扩大了抗日根据地，得到了上级表扬。在艰苦的斗争环境中，侯世奎还坚持学习文化，在行军途中，每天识四、五个生字，被上级机关授予“文化学习模范营长”称号。这一时期，侯世奎在其他方面均表现良好，办事雷厉风行，处处以身作则，因此得到上级领导的器重，不断被委于重任。

1943年夏，侯世奎被任命为八路军山东纵队第二旅（滨海军区）第六团副团长。

1944年春，侯世奎调任滨海军区独立第三团（莒中独立团）团长。

1945年初，侯世奎升任滨海军区第一（滨北）军分区副司令员。

1945年，日本投降后，侯世奎奉命率部进军东北。当时，为了保守军事秘密，不暴露我军武装力量，八路军进入东北后统称为“东北人民自卫军”。侯世奎去东北后，先担任东北民主联军辽东军区第三纵队第五旅旅长（纵队司令员胡奇才），辽东纵队副司令员，东北野战军第四纵队第十师副师长、师长，安东军区参谋长等职。他参加了本溪、海城、梅河口战役和著名的辽沈战役、平津战役，为革命战争的最后胜利作出很大贡献。侯世奎因作战勇敢，曾多次受到上级的通令嘉奖。

1946年初，以蒋介石为首的国民党反动派，在美帝国主义的支持下，积极向东北调兵遣将，对南满革命根据地发动大规模进攻。当时担任第四纵队第十师副师长的侯世奎（第十师师长杜光华，政委葛燕璋，副师长侯世奎，参谋长寇奎甫，政治部主任曹广化，政治部副主任车学藻，参谋处长郭家洛），奉命率领二十九团担任主打鞍山的任务。5月25日凌晨，他指挥该团向盘踞白山之敌发起攻击。敌人依托有利地形，拼命抵抗。二十九团在炮火的掩护下，借着硝烟浓雾，迅速攻上山头，将敌打垮，接着又乘胜攻下了神社山，控制了制高点。次日，侯世奎在友邻部队的有力配合下，一举攻下了鞍山市郊，全歼守敌一八四师五五一团，鞍山解放。战后，二十九团被东北军区命名为“鞍山团”。同年10月，敌军集中10万兵力分左、中、右三路向我南满、东满根据地大举进攻。左路军于10月底到达新开岭一带，形成孤军之势。31日拂晓，我军发起攻击，两天一夜，连攻十多次，都未成功为了迅速拿下这个有精良美式装备的守敌二十八团。侯世奎带二十九团担任主攻突击。该团二营于11月2日上午8时在侯世奎指挥下迅速攻上了山头，一、三营也紧随其后，前仆后继，冲锋陷阵，终于打垮了盘踞老爷山的二十八团。此时，友军也发起全线进攻，一举歼灭敌人称之为“千里驹”的第二十五师，师长李正谊也被生擒。接着，侯世奎和杜光华师长又率领第十师像一把锋利的钢刀直插抚顺、本溪地区，打乱了敌人的后方。

1947年2月初，第十师奉命东返，参加了第二次保卫临江的战斗，歼灭敌“常胜军”一九五师5个营。随后，又配合第三纵队第八师，在大北岔、得胜屯歼敌九十一师一个团及师属工兵营。4月3日，第十师深入敌后，分割包围，同第八、九师一起，合歼敌人八十九师，俘虏7000余人。保卫临江战役结束后，由于师长杜光华牺牲，侯世奎升任第十师师长。不久，侯世奎又调任安东军区参谋长，参加了梅河口战役。

1949年，兰州解放后，侯世奎调任中国人民解放军甘肃省军区第一任参谋长，参与指挥了甘肃地区的剿匪斗争，为稳定甘肃局势、维护社会治安、保卫人民生命财产作出重要贡献。

1952年，侯世奎调任西北军区干部文化学校校长。

1955年9月，侯世奎被中央军委授予少将军衔，荣获二级八一勋章、二级独立自由勋章、一级解放勋章。

1961年，侯世奎升任甘肃省军区副司令员。

1966年，侯世奎离职休养。新中国成立后，侯世奎由战争环境转入和平环境，由农村进入大城市，虽然工作及生活环境发生了很大变化，但他仍保持了艰苦奋斗、好学上进的优良传统。他对自己一直严格要求，从不搞特殊化。他对工作一贯认真负责，能出色地完成各项任务。他平易近人，关心同志，不仅自己经常坚持学习马列主义、毛泽东思想，还关心自己亲属的学习和进步。六十年代初，侯世奎任省军区副司令员时，他老家的两个叔叔去兰州看他。期间，他向两位叔叔详细询问家乡的农业生产情况，要求他们和子女好好学习毛主席著作。当两位叔叔准备回家时，他特意给他们送了一套《毛泽东选集》。他于1957年和1965年两次回临夏探亲期间，对当地的农业生产和民兵建设十分关心，给予了帮助指导。

1976年1月24日，侯世奎因心脏病治疗无效，在兰州逝世，享年65岁。遵照本人意愿，他的遗体实行火化，骨灰盒被安放在兰州市华林山革命公墓。侯世奎逝世后被批准为烈士。

1955年被授予少将军衔，荣获二级八一勋章、二级独立自由勋章、一级解放勋章。

1976年2月6日，甘肃省军区为侯世奎举行追悼会，副政委夏继平同志致悼词。悼词中说：侯世奎同志参加革命四十多年来，在长期的革命战争中，在社会主义革命和建设中，认真学习马列主义、毛泽东思想，理论联系实际，努力改造世界观，对党忠心耿耿，对工作兢兢业业，光明正大，团结同志，勤勤恳恳地为人民服务，把自己的一生献给了中国人民解放事业和国防建设事业，保持和发扬了我军的优良传统。