1984年09月至1985年09月，侯云德任中国医学科学院病毒学研究所副所长。

1985年09月至1997年09月，侯云德任中国预防医学科学院病毒学研究所所长。

1986年至1996年，侯云德任中国第一至第三届“863”高技术研究发展计划生物技术领域专家委员会首席科学家。

1994年06月至1998年06月，侯云德任中国工程院医学卫生工程学部主任。

1994年，侯云德当选为中国工程院院士（首批）。

1996年至1999年，侯云德任中华医学会病毒学会主席。

1998年6月至2004年6月，侯云德任中国工程院副院长。

1999年，侯云德任病毒生物技术国家工程研究中心主任。

1999年1月，侯云德任中国疾病控制中心病毒病预防控制所国家新甲型HIN1流感大流行联防联控机制专家委员会主任。

1999年1月，侯云德任中国疾病控制中心病毒病预防控制所病毒生物技术工程研究中心主任，研究员。

2020年4月，担任温州医科大学病毒研究院名誉院长。

1984年，侯云德构建了中国痘苗病毒疫苗株天坛株基因文库，经过10年努力，完成了该病毒全基因组（189,274kb）的测序与分析，是当时中国完成的最大基因组序列。

20世纪90年代，侯云德带领团队构建了系列新型大肠杆菌高效表达载体，在国际上首次发现了大肠杆菌增强子样序列，为中国基因工程药物研发提供了核心技术支撑；此外，还完成了一系列新型病毒载体的研制和应用，为中国基因治疗奠定了技术基础。

2009年新型H1N1流感大流行期间，作为联防联控机制专家委员会主任，与其他科学家在人类历史上首次对流感大流行的人为干预获得成功，并获得国际公认。

截至2016年11月，侯云德主要著作有《分子病毒学》、《病毒基因工程的原理与方法》、《干扰素及其临床应用》、《干扰素》《现代分子病毒学选论》等9部，在中国国内外杂志上发表学术论文400余篇。

论文

侯云德. 免疫球蛋白超家族与动物病毒的蛋白结构[J]. 病毒学报, 1989(2):197-199.

侯永浩, 金奇, 侯云德. 痘苗病毒天坛株编码Serpin Ⅱ分子功能区抑制细胞凋亡的研究[J]. 中华实验和临床病毒学杂志, 1998, 12(2):181-181.

宇文镐, 侯云德. 痘苗病毒表达载体[J]. 医学分子生物学杂志, 1989(5):218-223.

侯云德. 痘病毒的分子生物学与重组痘苗病毒[J]. 国外医学(分子生物学分册), 1986(6):30-34.

张智清, 侯云德, 李玉英, et al. 应用P_RP_L串联启动子和CIts857调控基因高效表达人γ干扰素[J]. 病毒学报, 1988(2):6-10+98.

侯云德. 现代分子生物学发展趋向[J]. 中国生物工程杂志, 1991, 11(6):1-15.

陈南海, 侯云德. 我国痘苗病毒天坛株与WR株基因组的差异主要分布在其外侧区[J]. 病毒学报, 1992(4):303-308.

侯云德. 我国生物技术发展现状[J]. 中国科技论坛, 1991(1):57-59.

侯云德. 应当制止生产“粗制干扰素”[J]. 病毒学报, 1989(2):107.

侯云德. 人类重要病原体基因组工程和分子致病机理——21世纪有关“人口与健康”的一个关键问题[J]. 中国科学基金, 1999(6):352-357.

著作

截至2018年1月，侯云德共培养博士、硕士研究生200余名。

侯云德自幼家境贫苦，10岁就从事家庭副业，靠半工半读上学，又摆过摊，捕过鱼，养过鸡，但他发奋求学。12岁时以全校第一的优异成绩毕业于凯乐小学。

侯云德是中国分子病毒学的先驱和奠基人之一，是中国基因工程药物的开创者，是中国现代医药生物技术产业的引领者和奠基人，也是中国现代传染病综合防控技术体系的总设计师。（中国疾病预防控制中心 评）

侯云德既是战略决策者，也是战术实施者；每当重大疫情来临时，侯云德扮演的都是守在“火山口”上的角色，准确把握疫情走向，提出最佳应对方案。（科技日报 评）

侯云德是一位科学家，更是一名战略科学家。他的很多科研成果和举措，在当时都是具有前瞻性和开创性的，并且影响深远。（人民网 评）

侯云德能够做出方向性的判断，靠的不是拍脑门，而是长期以来扎实的积累。（侯云德学生金奇 评）