1999年破格晋升为副编审，2004年晋升为编审。

1989年7月——1990年9月 山东省微山县第五中学教师

1993年8月——2000年1月 齐鲁书社编辑、副编审

2000年1月——2002年2月 齐鲁书社发行部主任、副编审

2002年2月——2005年11月 齐鲁书社编辑室主任、编审

2005年11月——2007年5月 中国书籍出版社副总编辑、编审

2007年5月——2008年4月 中国书籍出版社副总编辑（主持工作）、编审

2008年4月——2010年5月 中国书籍出版社副总编辑（主持工作）、党支部书记、编审

2010年5月——2011年5月 中国文史出版社总编室（办公室）主任、编审

2011年5月—— 中国民间文艺家协会办公室主任

侯仰军具有很强的敬业精神。他在山东省微山县第五中学工作期间，担任高三、高二文科班的历史教师，因教学成绩突出，两次受到济宁市微山县教育局的嘉奖。到出版社工作以后，认真履行编辑职责，刻苦钻研出版业务，积极策划组织选题。在充分掌握、认真分析图书市场信息的基础上，密切结合实际，策划或参与策划并组织编写了数十部书稿。

这些书稿不仅在学术上有较高价值，出版后在一般读者中也产生了广泛影响。其中，《传统文化面面观丛书》被中共中央外宣办列入“金水桥工程”（外宣重点图书）；《十二生肖与中国文化丛书》等被列为山东出版集团重点图书；《民俗文化面面观丛书》、《毛泽东家风》一版再版，成为优秀畅销书。《大话三十六计》和《大话孙子兵法》出版后，社会反响极为热烈，出版当年即实现了版权输出。

2004年10月，在共青团中央等部门组织的“全国青少年喜爱的优秀图书” 评选活动中，《大话三十六计》和《大话孙子兵法》双双入选（全国共评出100套优秀图书）。

作为编辑，他深知图书质量是书稿的生命，是出版社的生命。每拿到一部书稿，总是从总体框架，到行文风格、遣词造句，反复思索，严格把关。有时为了一个细节问题，也要花上一两个小时的时间去了解相关背景，与作者反复研讨，字斟句酌，力争做到正确、准确和精确。清样出来后，还要多次校改。由于经验丰富，文字功底扎实，作风严谨，他从事编辑工作17年，编发、复审和终审的数百部、1亿多字的书稿，没有出现任何质量问题。

由他担任责任编辑编发的书稿，多次荣获省级以上优秀图书奖，仅国家级优秀图书奖就两项，省级优秀图书奖30多项。其中《校雠广义》荣获第四届国家图书奖（新闻出版界国家最高奖）、全国古籍优秀图书一等奖、山东省优秀图书特别奖等三项大奖；《齐文化丛书》荣获山东省第四届精神文明建设精品工程奖、华东地区古籍优秀图书特等奖、山东省优秀图书奖等三项大奖；《二十五别史》荣获华东地区古籍优秀图书特等奖、第17届山东省优秀图书编辑奖一等奖。

侯仰军具有较强的组织能力，善于履行管理职能，善于调动广大职工的工作积极性。他在担任齐鲁书社发行部主任期间，深化内部改革，加大工作力度，使齐鲁书社的图书发行工作一年上一个新台阶，图书发货码洋与回收实款数都在原来的基础上翻了一番。担任齐鲁书社编辑室主任和中国书籍出版社副总编辑期间，每年除带领编辑室同志策划、编发大量书稿外，还承担了大量的书稿复审、终审工作，在全局上指导着编辑室的各项工作。

对于新进社的青年编辑，他总是高标准，严要求，细心指导，在业务上进行传、帮、带，将自己工作中的心得体会毫无保留地传授给他们，使他们从走上编辑岗位开始，便形成严谨的工作作风，打下踏实的专业基础，具备熟练的业务技能。在他的悉心指导下，青年编辑很快胜任了编辑工作，成为一个个合格编辑。2006年1月，齐鲁书社一次聘任了4位编辑室主任、副主任，都是他带出的青年编辑。

侯仰军对社科研究有浓厚的兴趣，一直致力于历史学、考古学与中国传统文化的研究、出版、教学工作。

先后主持或参加撰写学术著作7部，整理、校点、翻译古代文献12部，主编教学辅导用书三套（18册）。

在《孔子研究》、《齐鲁学刊》、《民俗研究》、《殷都学刊》、《古籍整理研究学刊》、《历史教学》、《大众日报》、《中国新闻出版报》等报刊上发表《唐代致仕制度新论》、《齐国灭亡的文化反思》、《中国古代的皇族封王制度》、《海岱龙山文化与尧舜之乡考辨》、《考古发现与大禹治水真相》等学术论文近20篇，杂文、书评60余篇。

他的博士论文《考古发现与夏商起源研究》（黑龙江人民出版社2009年10月出版）获得了著名历史学家、考古学家李学勤先生的充分肯定与赞扬。