1950年，担任南京市人民政府委员。

1951年—1980年，担任中国科学院地质研究所所长。

1951年，担任中国地质工作计划指导委员会委员兼南京办事处主任。

1952年，加入九三学社。

1954年—1962年，担任中国地质学会书记、秘书长。

1955年，当选中国科学院学部委员（院士）。

1956年，加入中国共产党。

1958年，担任中国科学技术大学地球化学系系主任。

1968年—1980年，兼任中国科学院贵阳地球化学研究所所长。

1980年2月24日，在北京逝世。

侯德封在锰矿找矿方面基本上解决20世纪50年代中国所需的锰矿资源。领导并参加了西北石油地质调查，支持陆相生油理论。领导开展了稀有元素及稀土元素研究工作，提出铀矿地质学基本理论。

1929年—1935年，候德封先后编写了第三次、第四次、第五次《中国矿业纪要》，收录了几乎全国所有矿区的煤、铁、石油、金属、非金属等矿产资源情况，包括矿种、储量估计、矿业经济开采经济等，基本勾划出当时全国矿产资源的分布。

1951年—1980年，侯德封担任中国科学院地质研究所所近三十年，他结合国民经济发展的需要，深入实际，现场勘察，组织力量协同攻关，在矿产、油气、工程、环境和灾害预防等各个领域，从理论到实践都做出了开创性贡献。

中华人民共和国成立初期，侯德封和叶连俊等通过长期的地质和地球化学研究，在湘潭锰矿地区找到了浅部氧化锰矿，并根据地质特征和成矿规律，发现了深部原生碳酸锰矿，使濒临枯竭的湘潭锰矿得以新生，解救了中国钢铁工业断锰的危机。之后他相继发表了《从地层观点对中国锰铁等矿产的寻找提供几点意见》（地质学报，1953）、《目前中国的锰矿问题》（地质学报，1953）等论文，阐述了中国锰矿的成矿规律和找矿远景，在中国首次应用地球化学原理解释锰矿的成因。

1955年—1957年，侯德封领导并参加了中国科学院西北石油地质调查工作，他从化学和物理的观点出发，通过对沉积剖面的基本类型、沉积物理化学环境以及沉积岩的形成关系的研究，解剖油气形成的构造环境和古地理条件。他强调历史地分析古地理和古气候是研究油区地层的关键，提出了指出有无石油生成，不在于地层是陆相还是海相，关键是有没有合适的古气候和古构造。地层厚、有潮湿气候期，是生油层和储油层发育的基本条件。下降生油，隆起聚油，一生一聚形成油田。据此，他认为不仅中国西部中新生代巨厚的陆相沉积盆地有油田，中国西南和东北中、新生代凹陷也很有生油前景。明确提出“潮湿凹陷带是陆相油田形成的基本条件”，“地层厚、有潮湿气候期，使生油和储油层都能有较好的发育，因而油源充足又可以储存，中国大陆上还有一些中、新生代的内陆隆凹陷带，它们有广阔的研究意义”，“来自陆相沉积本身的油源是占有一定的重要地位的，而且远景很大”以及“松辽新生代凹陷区也是很有前途”等独到见解和观点（关于陆相沉积盆地石油地质的一些问题，地质科学，19597；目前中国石油地质工作中的基本问题，地质知识，1955），不仅成功地解释了中国西部的油田成因和形成规律，而且进一步丰富和完善了“陆相成油”理论，推动了该理论的地质实践，为中国石油勘探基地东移战略决策提供了重要的理论依据，为大庆油田和东部重要油田的发现做出了突出贡献。

1960年，在侯德封的学术思想指导和精心组织下，中国科学院兰州地质所印制了《中国西北区陆相油气田的形成及其分布规律》一书，这是中国第一部系统论述陆相生油的专著。专著第一次明确提出了陆相地层中石油是在“内陆潮湿拗陷”生成的，强调潮湿和半潮湿气候沉积对生油有利。陆相生油理论是中国石油地质科学的一个创造，对我国的石油普查勘探开发中起着重要的指导作用。

1960年代初，侯德封把地球物质结构和元素活动的研究深入到核子的层次上去，用原子核的转变及其能量的积累与释放的微观认识来解释宏观的地质问题，从物质由基本粒子组成这一基本概念出发来认识地球物质的性质和运动规律。1961年，他提出“核子地球化学理论”，即“核子地质学”。他认为核转变过程中释放的能量是地球物质演化的基本因素和动力，组成地球的元素或同位素在地球演化过程中是可以转化的，把握这些转化规律，将对元素或同位素的生、运、聚获得更本质的见解。核转变能是地球物质演化的主要能源，核转变过程必然伴有能量的转换，能量的转换又将导致地质过程的产生；同位素组成的研究可以进一步认识元素的共生系统和量与质的变化规律。

1964年—1965年，侯德封用核子地质学理论研究了金属成矿问题，指出“核演变是成矿元素的根本来源。核演变过程实现了元素成矿的时代性和顺序性、成矿元素与岩石的一体性。因此, 核演变和原子运动的整体才是成矿作用”（金属成矿论，地质科学，1964），他指出，根据铀同位素丰度的计算，20-22亿年前，天然铀中的235Ｕ丰度特别高，如果岩石中存在慢化剂（如水、碳等），按反应堆中铀产生链锁反应的理论计算，岩石或矿石中有可能产生规模较大的链锁反应。1972年，法国科学家证实，非洲加蓬的Oklo铀矿区在20亿年前有9-10个天然核反应堆区，每个区有若干个反应堆，链锁反应时间持续了60-140万年。这是对侯德封理论推断的极好证明。1970年代，侯德封又倡导开展寻找自然超铀和超重元素的研究，推断自然界可能存在第124号超重元素。果然，1974年，美国一个实验室在独居石中发现了124号和126号元素，中国也于1982年在一些铀矿物和稀土矿物中找到了超重元素钚，可见他的远见卓识。1974年，侯德封（与欧阳自远合著）的《核转变能与地球物质的演化》一书出版，详细阐述了核子地质的研究对象、研究内容和研究方法，进一步完善和发展了“核子地质学”。

1、侯德封．开滦煤矿．河北矿学界，1929（1）．

2、侯德封．第三次中国矿业纪要．农矿部地质调查所，地质专报，丙种，1929（3）：1—366．

3、侯德封．太行山东麓煤田地质构造研究．农矿部地质调查所，地质汇报，1930（15）：25—51．

4、侯德封．河南修武煤田地质．农矿部地质调查所，地质汇报，1930．

5、侯德封．第四次中国矿业纪要．实业部地质调查所，地质专报，丙种，1932（4）：1—456．

6、侯德封．黑龙江省札?诺尔沥青矿及褐炭矿地质．实业部地质调查所，地质汇报，1932．

7、侯德封．黄金．自然，1933，1（32）．

8、侯德封．黄河上游之地质与人生．地理学报，1934，1（2）．

9、侯德封．福建漳龙一带地质．自然，1934，2（上册）．

10、侯德封．第五次中国矿业纪要．实业部地质调查所，地质专报，丙种，1935（5）：1—628．

11、侯德封．黄河志（第二篇）．地质志略，国立编译馆，1937．

12、侯德封．山西之菱铁矿．中国地质学会会志，1937，17：451－458（英文）．

13、侯德封．广元南江间地质矿产．四川省地质调查所丛刊，1939（2）：1—64．

14、侯德封．犍为煤田地质．四川省地质调查所，矿产专报，1940（2）．

15、侯德封．北川绵竹平武江油间地质．四川省地质调查所丛刊，1941（3）：1—30．

16、侯德封．四川铁矿概略．四川省地质调查所，矿产专报，1941（4）．

17、侯德封．黔北地质矿产．四川省地质调查所丛刊，1945（8）．

18、侯德封．四川地质构造史及其与矿床之关系．中国地质学会会志，1947，27：253—263（英文）．

19、侯德封．从地层观点对中国锰铁等矿产的寻找提供几点意见．地质学报，1953，33（1）：29—45．

20、侯德封．目前中国的锰矿问题．地质学报，1953，33（3）：183—195．

21、侯德封．目前中国石油地质工作中的基本问题．地质知识，1955（4）：1—7．

22、侯德封．地层的地球化学概念．地质科学，1959（5）：68—71．

23、侯德封．关于陆相沉积盆地石油地质的一些问题．地质科学，1959（8）：225—227．

24、侯德封．化学地理和化学地史．地质科学，1959（10）：290—293．

25、侯德封．核子地球化学．科学通报，1961（10）：1－20．

26、侯德封．几种主要内生铀矿床元素共生的检查．科学通报，1961（10）：22—29．

27、侯德封．分散元素与金属元素的共生与裂生关系．科学通报，1961（12）：1—5．

28、侯德封．金属成矿论．地质科学，1964（4）：299—312．

29、侯德封．金属成矿各论（一）．地质科学，1965（2）：95—105．

30、侯德封．金属成矿各论（二）．地质科学，1965（4）：303—311．

31、侯德封．同位素周期表的试作．地质科学，1973（3）：245—249．

32、侯德封，欧阳自远．核转变能与地球物质的演化．科学出版社，1974．

1978年，“核子地质学”获全国科学大会奖。

1982年，因在“大庆油田发现过程中的地球科学工作”中的突出贡献，获得国家自然科学奖一等奖。

在侯德封的领导和组织下，1950年代到1960年代初期，地质研究所建立了中国第一个工程地质研究室、第一个第四纪研究室和第一个同位素地质年代实验室，并培育发展了有机地球化学、矿床及层控矿床地球化学、天体地球化学、稀有稀土元素地球化学等新的地质学科。

1958年，侯德封参与了中国科学技术大学地球化学系的创建工作，并担任首届系主任，为国家培养了第一批地球化学专门人才。

1955年，侯德封被选聘为中国科学院学部委员（院士）。

侯德封是中国地球化学、铀矿地质和第四纪地质的开拓者和奠基人，在煤田地质、铁矿床及有色金属矿产研究方面作出贡献。（中国科学院评）

侯德封是中国地球化学和第四纪地质学的开拓者和奠基人，核子地质学的创始人。（中国科学院地质与地球物理研究所评）

侯德封不仅是中国著名的地质家、矿床学家和地球化学家与工程地质学家，而且是工程地质、矿产普查与第四纪地质等研究领域的创始人与开拓者之一，还是中国地质工作卓越的组织者与领导者。（智慧火花评）

1983年，中国矿物岩石地球化学学会特设立的“侯德封奖”，以缅怀和纪念他。