侯恪少有异才，与兄侯恂同读于范文正公书院，受知于郡守郑三俊，兄弟二人迭为冠军。24岁（明万历四十四年）与兄侯恂同年中进士，不肯仕，闭门读书，3年不窥园。万历四十七年（1619年），侯恪就公车入对，选翰林院庶吉士。此后历任编修、庶子、谕德（太子署官）、左春坊右庶子兼翰林院侍读、南京国子监祭酒等职。

崇祯三年(1630)，侯恪在国子监任上，厘正诸藏书，补其阙遗，积劳致疾，右臂不仁。逢乡试之际，勉强监试，病愈重。十二月，因病重告归。崇桢七年(1634年)七月十二日，侯恪病逝，终年43岁。著有《眠云阁集》、《嘤鸣集》、《静竹斋集》、《片石轩存稿》、《随史漫录》、《归田草》、《遂园诗草》、《雍余草》、《馆阁试草》诸集。

侯恪正直无私，在魏忠贤党权倾朝野时，坚决拒绝与魏忠贤党合作，受到天下读书人敬重。