出自紫堤东族侯氏，为当地望族，族人曾出资修建关帝庙、上谷东族宗祠等。先祖姓杨，原籍山西上谷，历代做官。北宋靖康之难时随康王南渡，曾居临安（今杭州）、乌泥径、真如，后定居紫堤村（今上海诸翟镇）。明代初传代至杨文昌，因中表兄弟侯守常无子女，曾抚外甥徐端为子，一传而绝，故杨文昌将其子杨彦昇再过继给侯守常为嗣，改姓后即侯彦昇。

侯玄洁的高祖侯尧封（字钦之，号复吾）为侯彦昇的玄孙，隆庆五年（1571年）辛未科进士（二甲第七十四名），曾担任监察御史。

助父守城，书信和檄文多出其手。左腿生了严重的疮疖，疼痛难忍，甚至血流至脚，但依然站立在烈日下或暴雨中襄理守城事务。诗文飘然淡远，不立町畦。