一九三七年，北平沦陷，侯绕道山东、河南回到太原，任中华民族抗日救国先锋队省队队长。十月日军近逼太原，侯到太谷县工作，组成以侯维煜为书记的中共太谷县委员会，侯领导县委成员配合抗日县长杜任之（中共地下党员）。积极动员群众开展抗日救国活动，并组织抗日武装力量—太谷县抗日自卫队，侯任政治委员，一九三八年初，太谷抗日游击队改编为晋冀鲁豫军区独立支队，侯调任补充支队政委。十二月补充支队改编为晋冀鲁豫游击支队第三大队，侯任政委。一九三九年，侯被选为中国共产党七大代表。他到延安后，入军政学院学习，一九四二年又到中央党校学习二年。一九四四年后，历任中央党校六部组织科长、副主任、主任及党校教务处副主任等职。一九四七年带领中央党校土改工作团先后在陕西葭县和山西崞县开展土改工作。继任中国共产党晋绥分局六地委书记、分区政委兼代县县委书记。他的土改工作报告，受到毛泽东主席的重视和赞扬。