据非洲知名网站“泛非网”披露，哈布雷及其部下惩治反对者的手段极为残忍，不少人在他们的虐待中受伤或死亡。比如一个名叫苏莱曼尼的乍得人，因被指控支持哈布雷的反对者被判入狱两年多。据苏莱曼尼回忆，他所在的牢房只能容纳一个成年人站直身体，牢房里还悬挂着一盏高达100瓦的灯泡，“每天感觉头像要爆炸一样”。由于长时间的强光照射，苏莱曼尼几乎双眼失明。另外一种令人发指的酷刑，是将受刑人的四肢一起绑在后背上。这种刑罚会使受到严刑拷打的人伤口开裂，不仅疼痛难忍，时间一长，还会阻碍犯人的血液循环，导致其全身麻痹。许多犯人因为伤口得不到及时治愈，会全身长满蛆虫。乍得人哈赤姆就曾受过这种刑罚。当时，他与另外30名囚犯一起被关在一间牢房里。由于牢房人群拥挤，许多人因缺氧而死，而活着的人不得不躺在那些尸体上入睡。

哈布雷不但逮捕杀害反对者，有时连他们的家人也不放过。如果他认为政治犯所在的部落会危及自己，还会对整个部落进行清洗。乍得真相委员会在1992年的一份统计称：哈布雷执政时期至少有4万反对者被杀，超过20万名普通乍得公民曾遭到哈布雷特务部队的监禁或毒打，无数人被迫流亡国外。

哈布雷用严刑酷法打压异己的同时，还要应对随时准备卷土重来的韦戴。1983年6月，韦戴在利比亚的支持下再度攻入乍得，并一度占领乍得东南方的大部分领土。由于担心利比亚借机侵占乍得，美法等西方国家向哈布雷政权提供大量军事援助，助其将支持韦戴的利比亚军队赶出乍得。

不过，哈布雷虽然保住政权，但实力受到严重削弱，政权处于风雨飘摇境地。乍得许多部落武装因不满哈布雷的排挤以及政策，纷纷群起反抗。其中以扎格哈瓦部落的武装力量最强大。1990年11月，扎格哈瓦部落的军官伊德里斯·代比·伊特诺军率军击败了哈布雷的军队，并包围了首府恩贾梅纳。当时美国法国没有再支持哈布雷，而是派遣飞机接走了乍得境内的外国人。哈布雷守军也开始丢盔弃甲、缴械投降。1990年12月2日，哈布雷政府被推翻。

在代比将军破城的同一天，哈布雷及其支持者一起逃往喀麦隆，后来又流亡到塞内加尔。2000年，哈布雷在塞内加尔遭到起诉，但受理法院最终以其“无权审理在其他国家犯罪的哈布雷”为由将其释放。2006年3月17日，欧洲议会要求塞内加尔将哈布雷引渡至比利时受审，但遭到塞内加尔拒绝。

2007年，在非洲联盟的压力下，塞内加尔建立了战争罪行法庭，以审判哈布雷。2008年7月，塞内加尔修改法律授权塞内加尔法院对在他国实施犯罪行动或在超过10年前实施犯罪行动的人进行审判。2008年8月15日，乍得恩贾梅纳刑事法庭缺席宣布哈布雷危害国家安全、危害宪法秩序、领土完整及安全等罪行，并判处哈布雷死刑。不过这并不意味着哈布雷已走上末路，真正能决定其命运的是塞内加尔。2008年1月，欧盟专家曾前往塞内加尔要求其制定一份检举计划，并确定精确的审判时间表与合理的预算，但时至今日塞内加尔仍然没有完成上述工作。哈布雷命运走向究竟如何，仍是一个未知数。

2009年5月28日，塞内加尔政府表示，塞司法部门完全有能力审理乍得前总统侯赛因·哈布雷一案。塞内加尔政府预计审理哈布雷一案至少需要投入180亿非洲法郎（约合3600万美元），而对该案的调查、取证、审理等项工作可能需要长达3年的时间。

塞内加尔一家私人电台2013年6月30日说，乍得前总统侯赛因·哈布雷当天上午在其位于达喀尔的寓所中被塞内加尔宪兵逮捕。

哈布雷的律师哈吉·迪乌夫对该电台说：“侯赛因·哈布雷被（宪兵）逮捕，目前下落不明。”

塞内加尔司法部门为哈布雷案件专门设立的非洲专门法庭发言人马塞尔·门迪在接受电话采访时表示，哈布雷已被司法部门羁押，等待非洲专门法庭审问。

哈布雷1982年6月发动政变上台，1990年12月被乍得现任总统代比推翻，后流亡塞内加尔至今。乍得官方一个调查团指控他在执政期间涉嫌杀害4万名政治犯。

2005年9月，比利时司法部以涉嫌犯有严重反人权罪、反人类罪和滥用私刑罪，对在塞内加尔流亡的哈布雷发出国际逮捕令，要求将他引渡到比利时受审。同年11月15日，哈布雷在达喀尔被逮捕，后被释放。

2016年5月30日消息，乍得前总统侯赛因·哈布雷被非洲特别法庭以反人类罪、战争罪等罪名判处终身监禁。

非洲特别法庭在当天的审判中宣布哈布雷犯有战争罪、反人类罪、强奸罪、性侵罪和故意杀人罪等罪行，且情节“极为严重”，因此判处哈布雷终身监禁。根据法律规定，哈布雷可以在15天之内对此判决进行上诉。