2003年11月21日，在此做过3年“慰安妇”的朝鲜妇女朴永心，当场指认当年她所居住的楼上第19号房间、一楼吧台、关押吊打不听话的“慰安妇”的小阁楼，以及这家日军慰安所的种种罪证。南京利济巷慰安所旧址也因此成为为数不多经外籍“慰安妇”现场指认的慰安所旧址。

2004年3月25日，南京市房产局在经过审查后，颁发了长白街利济巷地块的拆迁许可证。整个拆迁项目需要拆除面积7587.7平方米，其中可能涉及慰安所的房屋共9幢，建筑面积为4800平方米。

2004年7月，利济巷涉及慰安所的所有住户均被迁走，这9幢楼从此处于空置状态，垃圾遍地，成了垃圾中转站。由于长时间无人居住，年久失修，利济巷部分房屋楼梯散架，部分房顶及天花板坍塌。

2008年春节期间，因燃放烟花引发的火灾烧毁了利济巷2号的部分天花板和大部分门窗，使建筑在日晒雨淋中加速破败。

与此同时，南京的专家学者、人大代表和部分媒体，呼吁保护利济巷慰安所旧址的声音一直没断，国外相关组织也开始关注此事。2004年3月，日本“反对战争与针对女性暴力日本联盟”“女性、战争与和平人权基金”给南京市文化局寄去《关于保存南京市利济巷现存慰安所遗址的请愿书》，请求保存历史物证。为此，南京市文物局当月给南京市委宣传部递交报告，建议“召集有关专家对该处历史遗产及保护价值进行评估，形成成果意见，对市民公示。”

2004年6月，南京市文物局召开听证会，征求各方对利济巷慰安所旧址去留的意见。由于专家的呼吁和众多媒体的介入，利济巷慰安所的拆迁工作不得不缓下来。

2004年6月8日，南京市政府就利济巷的拆迁问题召开了专门的新闻发布会。南京市政府新闻发言人表示，南京市只是对居住在该建筑里面的居民进行动迁，并未实施拆除。至于是否对该建筑实施保护以及以何种方式保护，将在组织有关专家进行严格论证后再作决定，并及时向社会公布。在一片呼吁声中，剩余的7幢慰安所建筑得以保存。

2012年，南京市白下区拟将利济巷慰安所旧址建成“‘慰安妇’历史陈列馆”，计划于2014年对外开放，并向南京市政府提交立项申请。

2012年11月，一块铜牌终于挂到了利济巷，上面写着“太平南路控制保护建筑利济巷慰安所；地址：五老村社区利济巷2-18号；保护内容：依据南京市重要近现代建筑和风貌区保护条例实施保护”。然而，随着2013年初白下与秦淮两区合并为新秦淮区，该计划最终不了了之。

2013年11月17日，薛冰、姚远、经盛鸿、宋震昊和王宏伟5位专家学者以南京普通市民的身份，依据《文物认定管理暂行办法》，申请将侵华日军南京利济巷慰安所旧址认定为文物。他们希望通过市民依法提交申请，政府依法答复，并对利济巷旧址的价值进行认定。

2014年3月12日，南京市秦淮区政府组织召开专家论证会。与会专家一致认为利济巷慰安所具有极高的历史价值，应该得到整体保护、原真保护。

2014年5月，南京市文化广电新闻出版局把利济巷慰安所旧址的申报书，上报给南京市政府，南京市政府为利济巷慰安所旧址特事特办，于6月7日正式认定利济巷慰安所旧址为南京市文物保护单位。

2014年6月25日，由南京市人民政府设立的“南京市文物保护单位——利济巷慰安所旧址”碑在利济巷慰安所旧址前揭碑。

2014年11月，南京市人民政府对侵华日军利济巷慰安所旧址进行了修缮保护和陈列布展工作。

2014年底至2015年初，南京市委、市政府在听取了该地块的前期和相关可行性方案后，就该地块相关问题召开了多次会议，展开讨论，会后以“会议纪要”的形式，明确由侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆（以下称“纪念馆”）为主体统筹协调，具体建设工作由代建机构实施，将该地块进行修复和配套工程建设，建成后场馆作为纪念馆分管运行。纪念馆接手利济巷慰安所旧址改造工程后，也组织了日军“慰安妇”问题的专家学者等商讨利济巷慰安所旧址的改造工作。经过专家论证会的讨论，决定将侵华日军南京利济巷慰安所旧址改造成“南京利济巷慰安所旧址陈列馆”。

2015年5月1日，侵华日军南京利济巷慰安所旧址改造工程正式开工建设。同年12月1日，南京利济巷慰安所旧址陈列馆向社会正式开放。

侵华日军南京利济巷慰安所旧址由保存完整的8栋民国时期的砖木混合建筑组成，占地面积3680平方米，保留并修缮的建筑面积为3160平方米，建筑基底面积为827平方米，建筑高度11.10米。

在以侵华日军南京利济巷慰安所旧址为建筑主体建立的南京利济巷慰安所旧址陈列馆内，展示着众多侵华日军实施“慰安妇”制度的相关文物，它们昭示着当年侵华日军犯下的暴行。

安全套已经严重氧化，它的牛皮纸外包装上不仅印有日军的标志，还有4个汉字：“突击一番”，意为“进攻最厉害”。

星秘膏是侵华日军为了预防性病而使用的。在包装盒正面注明由“陆军卫生材料厂”和“陆军军需品厂”生产，背面还写有具体使用方法。星秘膏是让日军和安全套配套使用的。星秘膏和“突击一番”安全套均从日本友人大东仁处征集。

内窥镜，是当年松下富贵楼慰安所为“慰安妇”检查身体时使用，国家一级文物。该文物是南京市民李邦华、李邦贤兄弟和李邦华的女儿李萍捐赠。李邦华、李邦贤兄弟是南京原居民。日寇攻陷南京后，将李氏一家赶出住房霸占房屋，并利用房屋开设慰安所，就是后来的松下富贵楼。日本投降后，国民政府将房屋归还给原居民，房间中保留了较多慰安所的物件。

陈列有当年慰安所使用的大床、饭桌、榻榻米等。

高锰酸钾消毒剂为曾被日军强征为慰安妇的雷桂英老人生前捐赠。这些块状的高锰酸钾，大概有手指头大小，被封装在一个玻璃瓶里。据悉，这些高锰酸钾是南京汤山原日军高台坡慰安所发给“慰安妇”用作卫生措施的，是侵华日军“慰安妇”制度的重要罪证。

日军“慰安妇”制度是日军在侵略中国的过程中建立和完善起来的。民国二十一年（1932年）“一·二八”事件期间，时任日本“上海派遣军”副参谋长的冈村宁次为了鼓舞日军士气，防止日军强奸事件和性病的蔓延，效仿日本海军早已实行的慰军的办法，征召日本妇女，组织“慰安妇团”来上海，为参战的日本陆军官兵提供性服务。同年4月，一批兼有“特殊使命”的日本女人抵达上海，她们是第一批被称为“慰安妇”的女人。“慰安妇”制度作为日军的一项正式制度，在南京大屠杀期间得以建立和全面推行。在进攻南京的过程中，日军各部官兵对沿途所经各地的中国妇女大肆奸淫，已经有人提出建立慰安所的设想了。民国二十六年（1937年）12月13日，日军攻占南京，在实施大屠杀的同时，大肆强奸、轮奸妇女。由于日军大规模、无节制的奸淫活动，致使性病在日军内迅速蔓延。由于“性病具有较强的传染性和巨大的伤害力，会严重的损害军队的战斗力，而且治疗期间要比其他疾患入院周期长，梅毒尚影响子孙后代，危及国民整体的健康”。因此，性问题几乎成了日军能否继续其侵华战争的首要问题。南京大屠杀中的大规模性暴力事件和由此产生的性病蔓延，使得日军高层认为有必要在日军中建立和推行“慰安妇”制度。

民国二十六年（1937年）12月初，日本华中方面军司令官松井石根大将命令方面军参谋长塚田攻少将建立慰安所，塚田攻又将这一计划交给上海派遣军参谋长饭沼守少将执行。同年12月28日，上海派遣军参谋部第二课召集所辖各部将校开会，审议由第二课提出的《关于设立南京慰安所的方案》，迅速获得通过。于是，日军“慰安妇”制度正式在南京确立。继华中方面军之后，其他日军在华部队也纷纷设立军队慰安所。在日本全面侵华战争期间，日军在中国22个省份设立了大大小小上千个慰安所，南至海南岛，北到东三省，全面实行“慰安妇”制度，约有20万中国妇女惨遭日军的性奴役。在太平洋战争爆发后，日军的“慰安妇”制度进一步扩大到东南亚各地，大量的不同国家、各种肤色的女性被迫充当日军“慰安妇”，为日军提供性服务。这是日军在第二次世界大战中对女性犯下的严重罪行。

民国二十六年（1937年）12月13日，日军攻占南京，制造了震惊世界的南京大屠杀，30多万人不幸罹难。日军在南京城肆意施暴的六周内，发生了2万多起中国女性惨遭日军强奸、轮奸的事件，南京大屠杀也是一场大奸杀。不仅如此，在占领南京期间，日军建立很多慰安所，从朝鲜半岛、中国各地、日本本土等地，以强征或欺骗的手段将大量女性带到南京，充当日军“慰安妇”，为日军提供性服务。因为南京战时的特殊地位，日军在南京驻军很多，因此，在南京建立的慰安所也较多，南京也就成为日军“慰安妇”制度实施较为完善的地区之一。民国时期，夫子庙到大行宫一带是南京最繁华的商业区，同时是侵华日军占据南京后，划定的日本侨民聚集居住的“日人街”。因靠近日本兵营和军事机关，这一带由日本军方或日侨娼业主开办经营的“慰安所”多而集中，分布在科巷、三条巷、四条巷、利济巷一带，其中利济巷的“东云慰安所”（今侵华日军南京利济巷慰安所旧址部分建筑）是最有名的，这里由一名叫千田的日侨娼业主经营。根据一些南京的老人回忆，很多挎着圆柄刀的日本兵在楼下的小铺子刚喝完酒，就醉醺醺地来到这里。日本兵还会打这些女子，有时房间里会传出女孩哭喊的声音。

松井石根

松井石根（1878年7月27日—1948年12月23日），南京大屠杀主犯之一，生于日本东京爱知县，日本陆军大学毕业，抗日战争期间任侵华日军华中派遣军总司令，指挥上海派遣军和第十军进攻并占领南京。日军占领南京后，在日本政府的纵容以及其司令官松并石根的唆使下，日寇在南京进行了持续6个星期的屠杀，同时伴随大规模、无节制的强奸以及奸杀中国女性，致使性病在日军内迅速蔓延，严重损害了日军的战斗力，促使日军高层决定在日军中建立和推行“慰安妇”制度。日本战败后，松井石根于民国三十七年（1948年）12月23日在东京被绞死。

谷寿夫

谷寿夫（1882年—1947年4月26日），日本福冈县人，乙级战犯，侵华战争南京大屠杀期间，任日本第六师团师团长。谷寿夫历任日本驻印度武官、日本东京湾要塞司令官、第六师团师团长等职务。民国二十六年（1937年）12月13日，谷寿夫率师团从南京中华门进入市区，开始了震惊世界的南京大屠杀以及大量对中国妇女的强奸和奸杀行为。日本华中方面军司令官松井石根大将对谷寿夫所谓的功绩大加赞赏。二战结束后，谷寿夫被民国政府引渡到中国审判，并在南京雨花台刑场执行枪决。

冈村宁次

冈村宁次（1884年5月15日—1966年4月），冈村宁次出生于日本东京四民坂町街区的一个武士家庭，是家中第二个儿子。冈村宁次曾任日本领事馆武官、日本关东军副参谋长、侵华日军派遣军总司令等职务。冈村宁次是日军实施“慰安妇”制度的初创者。连冈村宁次自己也承认：“我是无耻至极的‘慰安妇’制度的缺席的始作俑者。”

朴永心

朴永心（1921—2006年），生于朝鲜平安南道南浦市。民国二十八年（1939年）被日军以招工之名骗至中国南京，在利济巷2号日军东云慰安（现侵华日军南京利济巷慰安所旧址）所作“慰安妇”，长达三年之久。此后，随着日军部队在中国境内辗转多地。民国三十三年（1944年），朴永心怀着身孕与另外3名朝鲜日军“慰安妇”逃出战壕时，被中国远征军解救出来，并由美国随军记者拍摄了著名的二战照片“怀孕的'慰安妇’”。2003年11月，朴永心来到南京，当场指认南京利济巷中当年她被迫充当日军慰安妇所居住的房间。

侵华日军南京利济巷慰安所旧址可以重构历史记忆，使人们对日军在二战中推行“慰安妇”制度这一侵犯女权、违背人道的野蛮罪行有更清醒的认识，从而反击日本右翼势力否定侵华历史的言论，并借此教育生者，警示今人和后人，在传承民族苦难记忆的过程中加强民族的凝聚力。

2014年6月7日，侵华日军南京利济巷慰安所旧址（当时公布的名称为“利济巷慰安所旧址”）被南京市人民政府增补为南京市文物保护单位。

2019年3月20日，侵华日军南京利济巷慰安所旧址（当时公布的名称为“利济巷侵华日军慰安所旧址”）被江苏省人民政府公布为第八批江苏省文物保护单位。

2019年10月7日，侵华日军南京利济巷慰安所旧址被中华人民共和国国务院公布为第八批全国重点文物保护单位。

2020年9月1日，侵华日军南京利济巷慰安所旧址被中华人民共和国国务院列入第三批国家级抗战纪念设施、遗址名录。

侵华日军南京利济巷慰安所旧址位于江苏省南京市秦淮区利济巷2至18号。

城市地铁：从南京站出发，步行640米，到南京站站搭乘地铁3号线（秣周东路方向），在大行宫站（3口出）下车，步行670米。