便携式数码显微镜可通过USB和无线数据传输，可同时与配套显示屏及电脑连接（安装接收器及软件驱动），实现随时随地现场检测，现场拍照储存数据，配合强大软件图像数据处理能力，还可以根据具体需求对显微放大图像进行反色、浮雕、单色处理及显微图像数据测量（直线、半径、角度等），成为显微镜发展的一大潮流。

数码显微镜的主要好处在于：传统的光学显微镜只能供一人使用，要分享显微镜的影像很困难，而要拍摄显微镜内的影像，亦往往需要用到特别的仪器帮助。然而，数码显微镜由于可以与电脑连接，使显微镜内的视像可以透过连接到课室的投影机播放，使课室内的学生可以一同观看影像，对课堂秩序的管理亦有帮助。