统一管理俄罗斯全国海关，在组织机构上可分为四个层次：海关署、直属地区海关局(直属海关)、隶属海关、海关监管点。署机关内设21个局(即组织监督总局、信息技术总局、海关监管总局、反走私总局、商品目录和贸易管制总局、后勤保障总局、联邦海关收入局、财经总局、监督审计局、外汇监管局、条法局、行政事务局、干部局、社会联系局、海关安全局、稽查局、海关合作局、海关统计分析局、调查局、强力保障局、法制局)；7个直属地区海关局(分设在俄联邦七大行政区中，即中央海关局、西北海关局、远东海关局、南方海关局、西伯利亚海关局、乌拉尔海关局、伏尔加河沿岸海关局)，直属海关5个(弗努科沃机场海关、达玛捷多瓦机场海关、谢列梅捷沃机场海关、中央消费税海关、中央能源海关)，直属专业化地区海关局4个；隶属海关127个；海关监管点709个、监管口岸446个。此外，俄海关共有8个驻外代表处(驻白俄罗斯、乌克兰、哈萨克、吉尔吉斯、芬兰、德国、比利时和中国)，海关学院1个、分院3个(拟增至6个)。世界海关组织欧亚经济共同体成员国教育培训中心设在俄海关学院，独联体地区信息情报联络中心设在莫斯科。