受台州临海县内史计尚儿之请，大师在江上讲《金光明经》「流水品」，闻者都发心不杀生，尽舍江溪沪梁六十三所，长达三百里，作放生池。因此，大师堪称中国佛教史上第一位大行放生之举的高僧。一日，见瑞云五彩，遥盖寺顶，有群雀飞鸣，集于阁宇，大师说∶「此江鱼化为黄雀谢恩耳！」据此，有一个动人的传说∶天台宗远播海外，以沿海的日、韩等国为盛；这些将天台思想传播异域的日、韩僧人，都是大师当年放生江鱼转世以报恩的！唐武、周世灭法后，天台教典在中国散佚不全，幸赖日、韩天台僧人保全天台教典，反馈中国，天台宗才得以在宋初中兴！陈至德元年（五八三年），陈后主命国子祭酒徐孝克撰《天台山修禅寺智?禅师放生碑记》，盛赞大师放生之功德。

陈至德三年（五八五年）至隋开皇十五年（五九五年），智者大师以天台栖隐十年酝酿完成的独具特色的理论与实践统一的天台教观体系，出山弘宣于金陵光宅寺、荆州玉泉寺，弟子灌顶法师私记为「天台三大部」（《法华文句》、《法华玄义》、《摩诃止观》），为天台宗的根本典籍。同时，与陈、隋帝王周旋，以借助王权巩固佛教。

隋开皇十五年（五九五年）十月，智者大师重返天台山。大师德高望重，吴越之民，沿途扫巷以迎。归修禅寺后，将荒芜已久、破漏不堪的殿宇，修葺一新，安众行道。法徒、僧众闻风而归，极一时之盛，但也有心猿意马，不求上进者。为严肃丛林规范，大师亲订《制法》十条，加强道风建设，比唐代百丈禅师制定《禅门规式》（后称《百丈清规》）早二百年。大师在加强道风建设的同时，也很重视学风建设，为天台宗学人规定了「十意，融通佛法」（详见《摩诃止观》卷七下），即十项学习的观点与方法，以免堕入「文字」或「暗证」。当今中国佛教界强调两风建设；智者大师开创的道风与学风，有其深刻的历史意义与现实意义。

隋开皇十八（五九八年），智者大师圆寂后一年，晋王为遵大师遗嘱而创天台寺。至大业元年（六○五年），据大师生前示诫「寺若成，国即清」，敕名国清寺。隋创国清寺后，改修禅寺为修禅道场，修禅寺成了国清寺的下院，住持由国清寺住持兼任，寺僧由国清寺常住派遣。天台九祖、中唐湛然大师，为「妙法之耿光，先师（智者大师）之遗尘」，命其弟子、翰林学士梁肃撰《台州隋故智者大师修禅道场碑铭并序》，唐元和六年（八一一年），湛然门人、僧行满立，现存智者塔院。唐武宗会昌灭法（八四一～八四五年）中修禅道场被毁。

唐懿宗咸通八年（八六七年）重建，宋大中祥符元年（一○○八年）改名大慈寺。其时，寺中法堂曰「净名堂」，因智者大师曾在此处讲《净名经》而得名。另一主要建筑为普贤阁，又有智者泉、漱玉亭。

寺中曾珍藏智者大师所供普贤及手书《陀罗尼经》，隋朝廷所赐宝冠、高丽铜铃杵等文物，其中「高丽铜铃杵」至明成祖永乐年间尚存，之后悉皆不知下落。又藏有初唐大书法家虞世南所书《华严经》，南宋绍兴年间被被奸相秦桧盗走。明太祖洪武十七年（一三八四年）八月，殿宇为风雨毁坏，僧德兴重建。

修禅寺，仅留有遗址，供后人轸怀。此外，还留下了轸怀修禅寺的不朽诗篇。北宋名臣、翰林学士叶清臣《游大慈寺》写道∶「佛陇光沈茂草平，树林犹作诵经声。一心三观休分别，秋静山高海月明。」南宋名相、金石学家洪适《游大慈寺佛陇》写道∶「振策快秋晴，伽蓝倚翠屏。看云不留瞬，对景已忘形。银地声千载，虹桥拱百灵。至今锺磬响，如讲《净名经》。」

目前，一个由天台国清寺出资，重建修禅寺总体规划工程已经形成，不日即将破土动工。相信在不久的将来，智者开山首刹修禅寺必将重现辉煌，照耀千古。