1999年，组织第8届国际水沙科学学术会议。

2000年，创建了北京大学环境工程实验室和教育部水沙科学教育部重点实验室。

2002年，组织建设北京大学环境工程实验室、成立环境工程系。

2015年12月7日，被增选为中国科学院院士。

2016年7月28日，南方科技大学-北京大学“世界大河研究所”启动，倪晋仁和郑春苗作为该所的共同负责人。

2017年5月6日，在西安理工大学水利水电学院金花校区举行王光谦、胡春宏和倪晋仁院士联合工作室签约及揭牌仪式。

2018年6月，北京大学环境科学与工程学院副院长倪晋仁挂职任北京市环保局副局长。

2022年4月，当选中国环境科学学会第九届理事会副理事长。

2022年12月17日，任中国民主建国会第十二届中央委员会常务委员。

2023年3月，第十四届全国政协人口资源环境委员会委员。

中国民主建国会第十二届中央委员会委员，第十四届全国政协委员、常委。

2020年3月26日，经中共中央统战部与各民主党派中央、全国工商联和有关单位协商、考察，经部同意，拟聘请倪晋仁为首届国家特邀自然资源监察专员。

2023年3月12日，政协第十四届全国委员会第一次主席会议通过，倪晋仁为人口资源环境委员会委员。

倪晋仁主要从事两相流基本理论及其在动力地貌学和环境科学与工程中的应用研究，重点研究高含沙固液两相流和风沙运动机理主，提出了基于河流物质通量的流域综合治理理念，开发了水体氨氮与有机污染物削减的关键技术。

在固液两相流方面：从动力理论的颗粒微观运动分析入手，提出了高浓度固液两相流运动的描述方法，找到了高浓度和低浓度两种情形下颗粒速度分布函数之间的关系，理论模型能够同时描述低浓度和高浓度固液两相流运动，克服了传统方法的缺陷。

在风沙两相流方面：获得了国内外最系统和全面的一整套风洞实测资料；提出了能同时反映跃移层内、外挟沙气流流速特性的风速廓线确定方法，获得了能充分反映粒径影响的风速分布和输沙率公式，揭示了风洞尺度变化及边壁对风沙运动的影响。提出了流域水土流失快速评估方法、河流系统健康评估方法和基于生态环境保护等多目标和多约束条件的填海工程综合优化方法，在实际中得到了应用。

提出了适用范围广泛的紊动水流中悬移质泥沙垂直分布公式，实现了了从低浓度到高浓度泥沙分布的微观描述。针对河流氮污染源控制的难题，发现了具有特殊脱氮功能的系列高效微生物菌株，开发了能够在单一好氧条件下实现氨氮与硝氮同时脱除的一步法脱氮工艺。提出了流域水沙灾害、河流功能性断流、河流多物质通量等新认识，为河流多功能调控与生态环境功能保护提供了关键技术。

截至2019年7月，倪晋仁发表论文200余篇，其中在SCI收录的国际杂志发表论文150余篇，被SCI他引2000余次、CNKI《中国引文数据库》他引6000余次。入选爱思唯尔发布2014年中国高被引学者榜单，位列环境科学学科。出版专著5部，译著1部，代表性作品如下：

出版著作

期刊论文

倪晋仁 , 钱征寒 , 论黄河功能性断流 , 中国科学 , 第 32 卷第 4 期 , 2002 年 , 496-502 页 .

倪晋仁 , 崔树彬 , 李天宏 , 金玲 , 论河流生态环境需水 , 水利学报 , 2002 年第 9 期 , 14-19 页 .

倪晋仁 , 论泥沙灾害学体系建立的理论基础,应用基础与工程科学学报,第 11 卷第 1 期 , 2003 年 , 1-9 页 .

倪晋仁 , 面向生态的水资源合理配置与调控,《科学前沿与未来》(第6集,香山科学),中国环境科学出版社,2002年,19-26 页.

Ni Jinren & Wang Guangqian, Vertical sediment distribution, Journal of Hydraulic Engineering, ASCE, Vol. 117, No.9, 1991, 1181-1194.

Wang Guangqian & Ni Jinren, The kinetic theory for dilute solid/liquid two-phase flows, International Journal of Multi-Phase flow, Vol. 17, No.2, 1991, 273-281.

Zhou Donghuo & Ni Jinren, Effects of dynamic interaction on sediment laden turbulent flows, Journal of Geophysical Research, Vol.100, Cl, 1995, 981-996.

Ni Jinren, Wang Guangqian and Borthwick, A.G.L., The kinetic theory for vertical profile of particle concentration in dilute and dense solid-liquid flows, Journal of Hydraulic Engineering, ASCE, Vol. 126, No.12, 2000, 893-903.

Ni Jinren, Borthwick, A.G.L., and Qin Huapeng, Integrated approach to determining post-reclamation coastline, Journal of Environmental Engineering, ASCE, Vol.128, No.6, 2002, 543-551.

Qin Huapeng, Ni Jinren and Borthwick, A.G.L., Harmonized optimal post- reclamation coastline for Deep Bay, China, Journal of Environmental Engineering, ASCE, Vol.128, No.6, 2002, 552-561.

Ni Jinren, Li Zhenshan and Cesar Mendoza, Vertical profiles of aeolian sand mass flux, Geomorphology, Vol. 49, No. 3-4, 2003, 205-218.

Ni Jinren, Wei Honglian and Huang Guohe, Environmental consequences of the Sanmenxia Hydropower Station Operation in Lower Yellow River, China, Energy Sources, Vol.25, No.6, 2003, 519-546.

Ni Jinren, Li Yingkui, Approach to soil erosion assessment in terms of land-use structure changes, Journal of Water and Soil Conservation, Vol.58, No.3, 2003, 158-169.

Ni Jinren and Sun Weiling, Applicability of Langmuir equation to Copper sorption by loess with high Carbonate content, Hydrobiologia, Vol.494, No.1-3, 2003, 259-263.

Ni Jinren, Li Zhenshan and Cesar Mendoza, Blown-sand transport rate, Earth Surface Processes and Landforms, Vol.29, No.1, 2004, 1-14.

J.R. Ni, H.W. Zhang, A. Xue, S. Wieprecht, A.G.L. and Borthwick, Modeling of hyper-concentrated sediment-laden floods in Lower Yellow River, Journal of Hydraulic Engineering, ASCE, Vol.130, No.10, 2004, 1025-1032.

Ni Jinren and Han Peng, Grain size variation in the Middle Yellow River subject to soil conservation, Journal of Water and Soil Conservation, Vol.60, No.2, 2005, 99-110.

J.R. Ni and R.Z. Liu, Approach to Rapid Sediment Hazard Zonation and it's Application, Geomorphology, 2006.

1993年，倪晋仁与的陶澍院士等合作先后承担了深圳-香港联合治理深圳河一、二期工程的环境影响评估以及环境监察与审核，这是中国最早的按照国际惯例招标的河流治理工程大型环境咨询项目。截至2015年，倪晋仁主持了江河泥沙灾害防治、长江黄金航道整治、黄河功能性断流调控、湘江重金属污染控制、深圳河-湾流域综合整治与生态修复等系列研究与应用项目，代表性的项目如下：

倪晋仁致力于推进北京大学环境工程学科建设，组建了北京大学环境工程研究所（1995年）、教育部水沙科学重点实验室（2000年）、环境学院环境工程系（2002年）、环境工程实验室（2004年），结合环境科学与工程学科整合的优势获得了学科博士点；启动了深圳研究生院环境工程专业学科建设（2004年），倡议并组建了国立新加坡大学-北京大学-牛津大学（SPO）水与环境技术平台（2010年），建立了北京市新型污水深度处理工程技术研究中心（2012年），初步形成了北京大学环境工程学科研究团队。

截至2017年，倪晋仁指导50余名研究生获博士、硕士学位。2006年被评为北京市优秀教师。2013年指导的博士生朱秀萍的论文《掺硼金刚石膜电极电化学氧化难降解有机污染物机理及废水处理研究》被评选全国优秀博士学位论文。

倪晋仁致力于水沙科学与环境工程交叉的跨学科研究，在河流动力学、河流地貌学、河流污染控制技术领域做出过突出贡献，获得多项国际学术认可、国家级荣誉，他用不事雕琢却又坚韧不屈的品格诠释着钟情所学。（北京大学评）