建议皇帝“欲施政令，必治精神。欲致功能，必集才力。欲精神之四周，当明体要，欲才力之毕出，当别流品”。又建议崇祯帝：“保元气，辨人才，正纪纲，修诏令”。受到崇祯皇帝的褒奖。崇祯十年（1637），升礼部尚书兼东阁大学士，入阁参政。崇祯十一年（1638），因误批奏章引罪归乡。直到顺治二年(1645)，南明福王命以原官职督师江西，后来因为嗜酒误事，被弹劾致仕。李自成的部队打到江西，攻破进贤，杀了傅冠的孙子傅鼎乾，并掘了傅家祖先的坟墓，傅冠投奔福建。大清兵分路自江西入邵武。傅冠躲避到泰宁的分水村。村人汪亨龙被清军收买，将傅冠捆挷起来交给了清军。清兵统帅李成栋忙亲自为傅冠解去绳索，并劝说他：“您是明朝重臣，放不放您，我得听候上边的命令。不过，如果您剃发归顺大清，我保您无事。”傅冠义正词严地说道：“你知道历史上的文天祥吗，他就是我们家乡受人千秋景仰的先辈。我们家乡从来只有断头的宰相。”李成栋见劝降不成，遂将傅冠押至汀州。死前，傅冠整理好衣帽向南揖拜说：“我辜负了自己的国家，就是死了，也无法赎清我的罪过。”又向西揖拜说：“我的祖辈暴骨于野，我有何面目见先人于地下。”临刑前，傅冠赋绝命诗：“幻影落红尘，倏忽成今古。名义重为山，以身弃如土。四顾环刀戟，辗转不得死。矢念终不移，皎日有如此。”据说傅冠被杀时，血溅一地，久而犹鲜。围观的群众都感叹他的忠义。清朝廷赐谥他忠烈。