酶分子中能直接结合并催化底物化学反应的特定区域。对于不需辅因子的酶来说，它包括几个甚至十几个氨基酸残基，这些残基一级结构相距甚远，但三级结构上相互靠近；对于需辅因子的酶来说，辅因子或者其某一部分结构，往往就是活性部位的组成部分。