元均出生于京畿道的平泽，幼年即表现出出众的军事天赋。武科及第后，曾参加讨伐北方女真族的军事行动。在这次战役中，元均作战非常勇猛，其事迹在《朝鲜王朝实录》的《宣祖大王实录》中被特别提到。

元均以此次战功担任咸镜道富宁府使。1592年，在日本丰臣秀吉侵略朝鲜的二个月前，元均被任命为庆尚道右水使，成为水军的司令官。然而在4月日军大举入侵之际，元均却急于逃走。此后，元均与全罗道左水使李舜臣一起同日本水军作战。元均鲁莽的性格与性格温和的李舜臣非常不和。而且，李舜臣在战争中被右议政柳成龙所看中，在功绩较少的情况下突然被大为提拔。这使元均非常不满。李舜臣也非常讨厌元均。在李舜臣的《乱中日记》里，曾评论道：“在天地之间，像元均这样凶恶的人实在是非常少有的。”

在丁酉再乱的时候，元均向朝鲜朝廷进谗，导致李舜臣被免职。元均则成为了三道水军统制使，总揽朝鲜水军的指挥大权。在漆川梁海战中，元均受到日军藤堂高虎部的袭击，大败战死。死后，追叙左赞成（从一品），追封原陵君。