第一部分：初遇结缘篇

奈奈生与巴卫等人相遇，经历了巴卫变小、海滩假日等故事，最后以举办夏日祭典结束。

第二部分：御影神社祭典篇/神乐篇

御影神社要举办夏日祭典来提高人气，奈奈生作为土地神需要跳神乐舞。在巴卫的帮助下，她努力练习，而风神·乙比古已经开始对她进行考验。

第三部分：出云神议篇

一年一度的八百万神议即将在出云举行，奈奈生得到了风神的出席许可，却接到了前往黄泉之国的指令。另一方面，恶罗王也已经开始行动。

第四部分：鞍马山篇

鞍马的故乡鞍马山出现了一些让人不安的变化，接到小天狗牡丹丸的请求，鞍马与奈奈生等人决定回到暌违多年的家乡一探究竟，最终解决了问题。

第五部分：迎接新年篇

一年一度的取年神之符的活动开始了，在穿越十二牌坊时，巴卫和瑞希进入了奈奈生的梦境。在梦境中，他们看到了一个不同于平常的、童真的奈奈生。而其他角色也分别迎来了属于自己的新年。

第六部分：沼皇女恋爱篇

与沼皇女有婚约的犬鸣沼皇子锦公子前来缔结婚礼，小太郎也发现了他的姬美子与常人不同。面对这些，沼皇女、小太郎均做出了自己的选择。但在这时，巴卫却发现奈奈生也有异常之处。

第七部分：过去篇

巴卫因爱上了奈奈生，五百年前关于雪路的记忆恢复，死亡诅咒也随之来临。奈奈生为了拯救巴卫的性命，三次回到过去，寻找缔结契约的信物。在过去，她看到了一个不一样的雪路，而她所知道的“雪路与巴卫的感情”却也跟想象中不同。在此篇中，前面关于过去的零星回忆串联成了一个完整的故事。

第八部分：冲绳修学旅行篇

奈奈生第一次参加修学旅行，旅途却并不平静。人鱼羽成将亚美当作偷走她羽衣的小偷，把她抓走，恶罗王对奈奈生发起攻击，巴卫见到了一位垂死的人类巫女，对他的心产生了强烈的震动。最终，巴卫等人的真实身份被亚美和小惠知晓，虽感惊讶，她们也接受了。而经历了一次离别后，巴卫与奈奈生的感情又进了一步。

第九部分：恶罗王篇及对战夜鸟篇

恶罗王终于开始向放置自己身体的火之山进发，此时的巴卫却因为急于变成人类，喝下进化之水变成了狐狸。夜鸟告诉奈奈生，她只剩下半年寿命了。为了寻找让巴卫恢复原形的方法，恢复奈奈生的寿命，以及救出被雾仁抓走的大国主，粉碎恶罗王和夜鸟的野心，奈奈生一行人再次来到黄泉之国，巴卫与恶罗王的那段过去也开始逐渐清晰。

被人类之爱感化的恶罗王为了保护母亲死去了，感觉自己受到背叛的夜鸟冲进火之山抢夺恶罗王的身体，巴卫随即追了过去，抢先一步找到了恶罗王的身体，却没想到已经被他砍下头颅的夜鸟开始与其同化，陷入了危机。

第十部分：最终章

为了完成昔日旧友·黑磨的愿望，大国主决定给奈奈生和巴卫一年的时间考虑，是否要让巴卫变成人类。奈奈生和巴卫在复杂的感情中度过了奈奈生作为土地神的最后一年，她也迎来了自己的高中毕业。

日文版单行本第一卷于2008年9月19日发行，每卷收录6话内容，此后的每卷发行均为当月的17-20日之间。

TMS Entertainment改编的电视作动画《元气少女缘结神》、《元气少女缘结神◎》（第二季）、《元气少女缘结神过去篇》。

由寺岛咲、八神莲、南圭介、高崎翔太等人主演的大型舞台剧《元气少女缘结神》。