元照的思想，主张戒律和净土并重。他常对门徒说∶“生弘律范，死归安养，平生所得，唯此法门。”又说∶“化当世无如讲说，垂将来莫若著书。”因此他出家后数十年间，以奉持戒律，专修净土自行；以聚徒讲学，弘法著书，并祥究律宗传承，楷定南山九祖，后世称为律宗中兴的大师。

元照力说比丘受持净戒的必要。他说∶“出家之人，若禅若教，以至房居，所习虽殊，未有不登坛受戒者。世多偏学，见学律者薄为小乘，见持戒者斥为执相；而不观己身削发染衣，复不思自心登坛纳具。且受不持，虽受何益？”元照认为入道归心，须有始有终。有始即须受戒，专志奉持，一切时中，不可暂忘。有终谓归心净土，决誓往生。他的往生观，又属于他力本愿的范畴。他说末法之时，自无道力，唯净土法门是修行经路。因此门全假他力，即弥陀世尊本誓愿力，光明摄取之力，但具信愿行三法，即得往生。

一、判别释迦一代佛教，以求在娑婆世界入圣得果的教法，为娑婆入道教观；以修行往生净土的教法，为净土往生教观。此土入圣的教观，有大小偏圆之殊；净土往生的教观，则是圆顿纯一大乘。元照的弟子戒度评价这二教观说∶“约娑婆、净土二土，分别教观之纯杂，为前古所未闻。”（“观无量寿经义疏正观记”）元照以为娑婆入道，以观心为主；净土往生，以观佛为要。他在“观经义疏”，盛倡观佛之法；后来在“阿弥陀经义疏”，一转而高扬执持名号的功德。他劝不能观佛者，可依称名之法而往生。元照又因得襄阳龙兴寺石刻“阿弥陀经”括本，有“专持名号即是多善根”之语，逐依之以称名为首要，布施、造寺等一切福业次之。由于称名善根故，即能灭罪往生（戒度“阿弥陀经疏闻持记”）。

元照又唱律、禅、教三学一源之说。他说∶“律，佛所制也；教，佛所说也；禅，佛所示也。”这是远承慈愍慧日的思想而来的。他又说∶律非学无以自明，教非学无以自辨，禅非学无以自悟。故律、教、禅，同出而异名，即同出于一心，主张无分别地加以修学。显见他对律教禅三学的调和主张。

元照倡导律、净二学相结合，并著书、造像、讲学、传戒，从事于多方面的弘法活动，在当时享有很高的声望。苏东坡即受其影响为母和妻的冥福而画弥陀佛像供养于佛寺中。元照在传戒方面，撰有“受戒方便”、“授大乘菩萨戒仪”、“剃发式仪”等文（俱见“芝苑遗编”卷中），是今日研究北宋时代传戒仪式的重要史料。他说∶三藏三学，以戒律为首，但受戒的人心有明昧，对于初受戒时未发大心的人，佛开重增（一作重受或增受）一法，是名增戒。他的弟子中如宗利和思敏，就是依律增受戒法的，其一生为人增受戒法达六十余会。但有些同道以他为矫异骇众，故寻短失，以致斗讼，几欲置之于狱。因而他在推行增戒中也受到不少挫折。

律宗传至宋代，以南山道宣一系为盛。但南山律宗祖承，历代取舍不一，元照乃作“南山律宗祖承图录”，楷定南山九祖。他认为南山道宣传承出于智首，智首以上，为法聪、道复、慧光、道云、道洪相承。法聪初传四分，其本则承受于昙摩迦罗（法时），而宗于昙无德（法正）部。故元照以四分开宗为始，断自昙无德，而下至于南山（道宜），蹑迹传通共九人。宋志磬“佛祖统纪”卷二十九依之，作为南山律宗传承，后附允堪和元照二人略传。清初福聚着“南山宗统”，即依元照所立九祖次第，于道宣下续文纲、满意、大亮、量一、辩一、道澄、澄楚、允堪至灵芝元照，定为中国律宗十六祖。

元照的著述，在律学方面有解释南山三大部的“四分律行事钞资持记”四十二卷、“四分律羯磨疏济缘记”二十二卷、“四分律含注戒本疏行宗记”二十一卷。净土方面有“观无量寿佛经义疏”（对天台、善导等所著“观经疏”旧疏，称为新疏）三卷、“阿弥陀经义疏”一卷。杂着“芝园集”二卷、“补续芝园集”一卷、“芝苑遗编”三卷。他又撰“法住记”（释“遗教经论”）、“报恩记”（释“盂兰盆经疏”）、“应法记”（释道宣“释门章服仪”）、“佛制比丘六物图”、“道具赋”（三衣、钵、坐具、漉水囊）等各一卷，并删定“比丘尼戒本”，共计著书百馀卷。道宣所著“行事钞”，自唐至宋，解者六十余家，而以允堪的“会正记”和元照的“资持记”二书最负盛名。允堪于庆历间（一〇四一～一〇四八年）主钱塘西湖菩提寺（即后之昭庆寺），撰“会正记”，以释南山的“行事钞”。后来元照律师出，因争论绕佛左右、衣制短长等，逐别撰“资持记”。于是“会正”、“资持”逐分二家（“佛祖统纪”卷二十九）。当时律宗学者称之为会正派和资持派；但后代学者专弘“资持记”，推为南山律宗正统，允堪“会正记”逐不流传。

元照的及门弟子见于史传的有用钦、戒度、行诜、慧亨、道言、宗利、思敏等，而传持他的律宗法脉的为智交。

用钦，从元照学律，并专修净业。着有“白莲记”四卷释元照“观经疏”，“超玄记”一卷释“阿弥陀经疏”。

戒度，号拙庵，居四明龙山。学“四分律”，晚年专修净业，撰“正观记”三卷释元照“观经疏”，“无量寿佛赞注”一卷释“无量寿佛赞”等。当时山家学匠草庵道因，见元照的“观经疏”中有排斥知礼的“约心观佛之说”，作“辅正解”一卷破之。戒度因撰“观经扶新论”一卷反破，大张元照之说。淳熙四年（一一七七年）又作“和陶渊明归去来辞”一篇，以见归心净土之志。

行诜、慧亨、道言、宗利、思敏也都修习念佛法门。

智交的事迹不祥。他的门下出惟一，惟一门下出法政，法政门下出如庵了宏和石鼓法久，了宏门下山铁翁守一，法久门下出上翁妙莲。这些人到南宋时还传持着元照的律系。铁翁守一着有“律宗会元”、“终南家业”；上翁妙莲着有“蓬折直辨”和“蓬折箴”各二卷，都是有关律学的著作。

南宋庆五年（一一九九），日僧俊(廿+仍)（一一六六～一二二七年）入宋，于四明景福寺，师事了宏三年，专修律学，于大小部文，悉皆通达。不久，净业（一一八七～一二五九年）继之，于嘉定七年（一二一四年）、绍定六年（一二三三年）两度入宋，从守一增受戒法，并究律藏，守一为撰“重受戒文”示之（“终南家业”卷中）。后来，真照又入宋，于开庆元年（一二五九）从妙莲和其门人行居传受戒法。俊(廿+仍)回国时，请回许多律宗典籍和南山、灵芝真影各一幅，于日本京都大弘律法，成为日本律宗泉涌寺派的开祖。净业等亦于京都戒光寺、西林寺、东林寺等广说戒法，盛传元照一系的律学（望月信亨“支那净土教理史”第二十九章）。