1858年11月1日生于日本摄津国（今兵库县），卒于1912年12月13日。1875年就读于日本京都同志社英语学校。1883年赴美国，就读于波士顿大学、霍普金斯大学，1888年在S.霍尔的指导下获哲学博士学位。1890年任日本东京帝国大学教授。他是日本最早的心理学教授。1906年成为日本帝国学士院会员。元良勇次郎研究心理物理学并重视心理现象的实验研究。他提倡心元（即心源）说，认为心元即精神化了的能量，它引起意志行动。主张心理学的研究离不开物理学和生理学。他培养了众多的日本心理学家。