光孝天皇是仁明天皇第三子，母亲为赠太政大臣藤原总继之女藤原泽子。承和十三年（846年）四品，嘉祥元年（848年）常陆地太守，嘉祥三年（850年）中务卿，仁寿元年（851年）三品，贞观六年（864年）上野太守，贞观八年（866年）大宰帅，贞观十二年（870年）二品，贞观十八年（876年）式部卿，元庆六年（882年）一品。

元庆八年（884年），太政大臣藤原基经废阳成天皇，于二月二十三日立其叔祖时康亲王为天皇，是为光孝天皇。光孝天皇对藤原基经感恩戴戴，让万机之政先咨禀藤原基经，再上奏天皇，这被视为“关白”的实质性开端。藤原基经的威势也就更加强化。光孝天皇还把自己的29名子女全部赐姓源氏，降为臣藉，未立太子，以示在立嗣的问题上也要完全听从藤原基经的安排。光孝天皇继位前生活得很拮据，经常向亲友借贷，以致债台高筑，无法还清。他当了天皇后，债主整天在皇宫门前讨债，弄得他好没面子，只好动用公款，用国库的钱来还债。