15世纪初以来克丘亚人已构成安地斯文明农业的重要骨干，当时昌卡人(Chanca)征服他们，昌卡人在该世纪稍晚又被印加人打败。

印加帝国在公用设施方面的种种要求，对克丘亚人在印加人大要求下其传统生活方式影响不大。但在16世纪西班牙人征服印加帝国後，克丘亚社会在西班牙人统治下才有剧烈改变。西班牙人实行监护徵赋制(encomienda)制度，即将克丘亚人土地置于殖民地托管之下并要求贡物的制度，使克丘亚人牺牲其自身食品供应而为西班牙人生产不曾种过的谷物。西班牙人将克丘亚人集中在比其原住村庄更大和人口更集中的村落中，从而进一步破坏其政治和社会机构。天主教教会更要求克丘亚信徒付出额外的时间和资源。19世纪西班牙统治结束时，克丘亚人处境已大为改变，许多人在大庄园里为奴仆，另一些人到城镇和都市谋生，有些人则留在其山区故乡。