腓力策划两种动摇罗得岛在爱琴海统治地位的方法：海上劫掠以及战争。他决定双管齐下，他决定鼓励他的盟友从事海盗行为劫掠罗得岛的商船。他说服涉足海盗行为多年的克里特人、埃托利亚人以及斯巴达人参与到海盗行为中。从罗得岛船只上掠取的大量物资对于这些国家来说是个极大的诱惑。他派埃托利亚海盗狄西阿库斯（Dicaearchus）越过爱琴海参与了以此大规模掠夺式袭击，在此期间他劫掠了基克拉泽斯群岛和罗得岛的领土。

到公元前205年年末，罗得岛已被这些袭击活动大大削弱了，腓力觉得进行他计划中第二部分的时机已成熟，即直接武装对抗。他说服耶拉派特拉、俄劳斯和其他东克里特城邦向罗得岛宣战。

罗得岛对腓力宣战最初的反应是外交上的，他们请求罗马帮助反对腓力。然而罗马人正提防着另一场战争，因为第二次布匿战争才刚刚结束。在帕加马、库梓科斯、拜占庭都已加入罗得到一方之后，罗马元老院试图说服平民加入战争，但却无法动摇那些已厌倦战争的民众。

在这个当口，腓力攻取了马尔马拉海沿岸的希腊城市克伊俄斯和Myrleia并将它们夷为平地，这一举动进一步激怒了罗得岛人。腓力于是将这两座城市交给他的姐夫比提尼亚国王普鲁西亚一世，他重建了它们并分别依照他和他妻子的名字将它们重命名为普鲁沙和Apameia。作为回报普鲁西亚允诺继续在损及帕加马利益的情况下扩张他的帝国（他与帕加马的战争于公元前205年结束）。攻取这些城市同样激怒了埃托利亚人，因为这两座城都是埃托利亚同盟的成员。埃托利亚与马其顿间的联盟关系仅仅是出于对腓力的恐惧，这次事件更加恶化了本已很脆弱的关系。腓力下一步袭击并征服了 吕西马卡和迦克墩城,他们本也是埃托利亚同盟的成员，最后被迫脱离了埃托利亚。

在回程之路上，腓力的舰队停靠在色雷斯海岸旁的萨索斯岛。腓力的将军Metrodorus去往与岛同名的首府会见该城的外交官。外交官说假如他们马其顿人不驻军、不征兵、不征税、且允许他们继续使用自己的法律的话，他们将交出这座城市。Metrodorus回复说国王接受了这些条件，于是萨索斯人向马其顿人敞开了大门。然而当马其顿军入城之后，腓力命令他的士兵奴役当地居民（他们之后被买到其他马其顿城市），然后劫掠了整个城市。

腓力接着与塞琉古帝国皇帝安条克大帝缔结了条约，以图瓜分托勒密五世治下的托勒密王朝占据的领土。腓力同意帮助安条克围攻埃及和塞浦路斯，而安条克则许诺帮助腓力控制昔兰尼、基克拉迪群岛和伊奥尼亚。

条约签署之后，腓力的军队袭击了托勒密在色雷斯的领土。接着，马其顿舰队向南进犯从托勒密五世手里夺取了萨摩斯，并俘获了停泊在那儿的埃及舰队。之后舰队转而向北并封锁了基俄斯岛。腓力试图将这个北爱琴海岛屿作为进取罗得岛的跳板。然而封锁变得对腓力不利，因为帕加马的联合舰队、罗得岛与他们的新盟友拜占庭和库梓科斯成功的阻拦了他的舰队。腓力看到没有其他选择，冒险发动了与联军的战争。

马其顿的舰队有大约200只战船，差不多比联军的舰队多出一倍。战争以与阿塔罗斯指挥的、正向马其顿舰队右翼进发的联军左翼发生交火开始，这时罗得岛海军司令Theophiliscus指挥的联军右翼袭击了马其顿舰队左翼。联军在他们的左侧处于上风且俘获了腓力的旗舰，腓力的海军司令，Democrates，在战斗中被杀。[7] 在此旗舰，联军的右侧，马其顿人正将罗得岛人击退。Theophiliscus，在他的旗舰上继续战斗，身上三处负伤，但仍设法激励他的部下打败了来犯的马其顿海军战士。

在联军的左侧，阿塔罗斯看到其中一只他的战船以被敌军击沉，附近的一只也处于危险之中。他决定派他的旗舰、四条四段帆船、三条hemioliae前往营救。阿塔罗斯看到腓力舰队接近，出于恐惧逃跑了，他的战船搁浅。他在战船甲板上整理好他散落的金币、紫色长袍和其他贵重物品，之后逃往厄里特利亚城。当马其顿人到达岸边是，他们停下来搜集战利品。腓力认为阿塔罗斯已在此追逐战中丧生，于是开始将帕加马旗舰拖走。

联军右侧的情况这时已发生逆转，马其顿人被迫撤离，留下罗得岛人将他们被损毁的战船拖拽到基俄斯岛的海港中。联军左队和中队也在早先取得了优势并在顺利航行回基俄斯前迫使马其顿人撤退。

这场战斗对腓力来说代价太大了，他有92艘战船被毁，7艘被俘。联军一方，帕加马有3艘战船被毁2艘被俘，罗得岛有3艘沉没无船被俘。战争期间马其顿人有6000划手3000水兵阵亡，2000人被俘。联军的伤亡则明显较低，帕加马有70人阵亡，罗得岛60人阵亡，联军共有600人被俘。彼得·格林描述这次战败是“一次曲折而昂贵的挫败”。这次战败有效削弱了马其顿海军并挽救了爱琴海诸岛免于大规模入侵。

此次战役之后，罗得岛人决定离开基俄斯并反回故里。在回罗得岛途中，罗得岛海军司令Theophiliscus由于在基俄斯所负的伤死去，但死前指定Cleonaeus作为他的继承人。当罗得岛舰队航行在Lade与小亚细亚岸边的米利都之间的海峡时，腓力的舰队袭击了他们。腓力打败了罗得岛舰队并迫使它撤回罗得岛。米利都人被胜利所感染，在腓力进入米利都领土时献与他赫拉克利德花环以示欢迎。

帕 加马国王阿塔罗斯在开始在爱琴海对抗腓力海军的战役之前，先加固了他首都的城墙以抵御袭击。他希望以这些防御措施来阻止腓力在他的领土上取得大量战利品。 就在此时腓力决定袭击帕加马，并率军来到城下。他看到城里没有足够的守军，所以派了一群散兵去攻城，结果他们很容易的被击败了。腓力看到城墙过于牢固，于是在摧毁几座神殿（包括阿佛罗狄忒神殿和雅典娜尼斯福鲁斯圣殿）后撤退了。在马其顿人夺取Thyatira后，他们前往铁贝平原进行劫掠，但是掠夺物却没有预期丰厚。当他抵达铁贝时,他向那一地区的赛琉古统治者宙克西斯索取食物。然而宙克西斯从未打算给腓力充分补给。

腓力对Mysia的战利品十分失望,于是挥师南下劫掠了卡里亚的城镇。他包围了Prinassus，一开始Prinassus勇敢的维持了下来，但当腓力装配好炮兵时，他派了一名外交官进程提议让他们安全离开城市否则会全部被屠杀。公民们决定放弃这座城。眼下腓力的军队已断粮，所以他攻取了Myus并把它交给麦格尼西亚人以换取食物补给。虽然麦格尼西亚人没有谷物，但腓力对有足够果品来供给他整个军队已感到十分满足。腓力接着快速攻取了Iasus, Bargylia, Euromus, Pedasa并在那些地方驻军。他接着包围并攻取了罗得岛人控制下的Peraea城。

当腓力的舰队在Bargylia过冬时，帕加马及罗得岛联合舰队封锁了海港。马其顿阵营的形势开始变得十分严峻，以至于马其顿人几乎到了要投降的地步。然而腓力设法用欺诈的方法逃离了。他派了一名埃及流亡者去见阿塔罗斯和罗得岛告诉他们他准备于次日袭击联军。由于得到这个消息，阿塔罗斯和罗得岛人开始准备即将迎战的舰只。当联军正做准备时，腓力趁夜色坐船从他们身边溜了过去，并在他的营地处处点上篝火以制造他仍然待在营地的假象。

当腓力专注于这场战役时，他的盟友阿卡纳尼亚人陷于反雅典的战争之中，之前雅典人曾谋杀两名阿卡纳尼亚运动员。阿卡纳尼亚人向腓力抱怨这次挑衅，于是他派了Nicanor the Elephant指挥的一只军队在袭击阿提卡的行动中援助他们。马其顿人及其盟军在袭击雅典之前劫掠了阿提卡。劫掠一直蔓延到雅典学院直到城中的罗马特使勒令马其顿人撤退，否则罗马将对其宣战。

腓力的舰队刚刚从联军的封锁中逃离，腓力就命令一只分舰队向雅典进发。马其顿海上中队航向Piraeus并俘获了四艘雅典战舰。正当马其顿分舰队撤离时，早已尾随马其顿舰队穿过爱琴海的罗得岛及帕加马的舰队在联军在Aegina的基地突然出现并袭击了马其顿人。联军打败了马其顿舰队，他们返回雅典。雅典人十分高兴以至于他们将从前被破坏的亲马其顿部族、Demetrias和Antigonis连带Attalid部族予以恢复，以迎接阿塔罗斯。阿塔罗斯和罗得岛人说服雅典人集合起来向马其顿人宣战。

帕加马舰队驶回在Aegina的基地，罗得岛人开始征服从Aegina到罗得岛的所有马其顿岛屿，并成功夺取除了Andros, Paros and Cythnos之外的所有岛屿。腓力命令他在Euboea, Philoces上的总督率2000步兵和200骑兵攻击雅典。Philoces军队没能攻取雅典，但劫掠了附近的乡村。

其间罗得岛、帕加马及雅典代表团行至罗马，出现在元老院前。当他们被接见时他们告诉元老院安条克和腓力间的条约并抱怨腓力攻击他们的领土。作为回应罗马派出三位特使，Marcus Aemilius Lepidus, Gaius Claudius Nero和Publius Sempronius Tuditanus到埃及与托勒密商量后去往罗得岛。

当这些事发生时，腓力攻击并占领了属于托勒密帝国的Maronea, Cypsela, Doriscos, Serrheum和Aemus。随后马其顿人向Thracian Chersonese进发，在那儿他们夺取了Perinthus, Sestos, Elaeus, Alopeconnesus, Callipolis和Madytus。之后腓力突袭了帕加马和罗得岛守军联防的阿彼多斯城。腓力开始在陆海两方面封锁该城以防止向城中运送增援补给。满怀信心的阿彼多斯人用弩炮击退了一部分攻城武器，另一部分攻城器械则被守军焚毁。马其顿人开始用那些残破的攻城器械破坏城墙，最终攻破了外城墙。

现在形势对守军来说变得严峻，他们派了其中两名最优秀的公民作为与腓力谈判的代表。当见到腓力后，他们提议在如下条件下交出城市：即帕加马和罗得岛守军在休战情况下离开，所有公民被允许穿着自己衣服离开且可以去任何想去的地方。腓力答复道他们必需“无条件投降，要么就像男人一样战斗”两名大使无能力做的更多，只好带上这个答复回城。

得知这个答复后，城邦的领导人召集了一个特使来决定他们的对策，他们决定解放所有奴隶以确保他们的忠心，将所有孩子和他们的保姆安置在体育馆，所有妇女安置在阿尔忒密斯神庙。他们还要求所有人交出他们的黄金和值钱的衣物以便将它们保管在罗得岛和库梓科斯的船上。五十名年长可信的人被选出以执行这些任务。之后所有公民进行了宣誓。波利比奥斯写道：”... 当他们看到内墙被敌人占领时，他们将杀掉孩子和女人，烧掉上面所提到的船只，而且，按照之前所立的誓言，将金银抛进大海。“

在朗诵了誓言之后，他们让牧师和所有人宣誓他们将要么打败敌人，要么难堪的死去。

内墙倒塌后，男人们尊守了他们的诺言，从废墟中站起英勇的战斗，迫使腓力派他的卫队向前接替前线的战士。夜幕降临前马其顿人撤回了营地。晚上阿彼多斯人下决心保留女人和孩子们，在黎明时他们派了一些牧师和女祭司带着花环穿过马其顿人营地，将该城交给了腓力。

其间，阿塔罗斯的船队穿过爱琴海到达Tenedos岛。最年轻的罗马使节Marcus Aemilius Lepidus在罗得岛听说了阿彼多斯之围，于是他前往阿彼多斯去找腓力。他在城外会见了腓力，并转告他元老院的意愿。 波利比奥斯写道：

当腓力走进阿彼多斯时，他看见人们以剑刺、自焚、上吊、跳井和跳楼诸种方式毁灭自己和他们的家人。腓力十分震惊，发表了一份声明说“他给那些希图自尽的人三天宽恕”阿彼多斯人专注于最初的誓言，想到那样是对已逝者的背叛，拒绝在这些条款下苟活。除了那些被囚或者在类似禁锢中的之外，每个家庭都慷慨赴死。

腓力随后发动了对雅典的另一次袭击；他的军队没能拿下雅典或Eleusis，但使阿提卡遭受了波斯战争以来的最严重的劫掠。作为回应，罗马人向腓力宣战，且侵略了他在Illyria的领土。为了处理罗马人以及希腊的形势，腓力被迫放弃攻打罗得岛和帕加马。从而第二次马其顿战争发生了。

在腓力从与罗得岛的战役中撤退后，罗得岛人便有机会攻击Olous和Hierapytna和他们的其他克里特岛盟友。罗得到在克里特搜寻盟友的举措有了成果，克诺索斯看到战争向罗得岛一方倾斜时决定加入罗得岛阵营，以图能在克里特岛称雄。许多中克里特的其他城市随后也加入了罗得岛和克诺索斯阵营以对抗希拉皮特纳和Olous。现在希拉皮特纳面临两面夹攻，最后投降了。

战争结束后缔结的条约规定希拉皮特纳断绝与外国势力的所有联系和盟约，并将所有海港和基地交由罗得岛处置。Olous，在废墟中签订了条约，被迫接受罗得岛的统治。作为结果。罗得岛在战后对东克里特主要地区实现了有效控制。战争的结束使罗得岛人能够腾出手来在第二次马其顿战争中帮助他们的盟友。

这场战争对克里特岛的其余部分没有多大短期影响。海盗和雇佣兵仍在那一地区继续活动。在三年以后的第二次马其顿期间的库诺斯法莱之战，克里特雇佣射手同时为罗马人和马其顿人作战。

这场战争对于腓力和马其顿人来说是昂贵的，他们损失了一只舰队，且花了三年时间才重建，由于他们的希腊盟友埃托利亚同盟和亚该亚同盟背叛了他们投向罗马人。战争的直接后果就是Dardani,一个蛮族部落，侵袭马其顿的北方边界，但腓力击退了这次进攻。然而在公元前197年，腓力被罗马人在库诺斯法莱打败且被迫投降。 这次战败使腓力丧失了马其顿本土之外的绝大多数领土，且他不得不向罗马人支付1000塔兰特的白银。

罗得岛人恢复了对基克拉迪群岛的控制，并再次确立了他们在爱琴海的海上霸权。罗得岛对东克里特的控制是的他们能够大举剿灭那一地区的海盗，但使海盗对罗得岛船只的袭击仍然持续并最终引发了第二次克里特战争。阿塔罗斯与前197年去世，他的儿子欧迈尼斯二世继承了王位并继续了他父王的反马其顿政策。帕加马这时从战争中摆脱出来并得到了腓力曾经占领的几个爱琴海岛屿并进一步成为只有安条克能与之抗衡的小西亚的强权势力。