布朗森病故之后，主席早迈后来也引起了军中不满，军人们于2001年2月发动政变，软禁了早迈，重新推选了都宰为主席。

再后来恩板腊为克钦独立军的总司令，总部临时设立在拉咱市（东面是盈江县那邦镇）。

1994年2月24日达成停火协议后，缅政府承认其为克钦邦第二特区(辖拉咱、迈扎央等地区)，辖区位于克钦邦东北部，与中国云南及印度的阿萨姆邦接壤，控制区面积约287平方公里，下设12个县，人口约15万人。

2008年5月，缅甸以全民投票方式通过新的《缅甸联邦共和国宪法》，宪法规定全国只能有一支军队，并规定了民主选举领导人的制度。克钦独立组织(KIO)在缅甸大选前召开“中央委员会”决定：不反对缅甸即将到来的大选，不寻求将克钦邦从缅甸联邦内分裂独立出去，愿意与大选后新组成的缅甸联邦政府就克钦独立军改编再进行会谈，可以取消“克钦独立军”番号等。新政府成立后，致力于按照宪法的规定改编各少数民族武装。在保持克钦独立军完整性的问题上，克钦政府与联邦政府分歧严重。

2011年，克钦与缅甸政府关系恶化以来，克钦独立军不是与中国沟通，而是拿中国在其境内的投资来要挟中国，克钦独立军不能看透西方反华势力的用意，和西方反华势力一唱一和，反对中国承建的密松大坝。

2011年6月，联邦政府军以保护重要水利工程为由进兵克钦，长达17年的停战协议被打破，造成双方大量人员伤亡，也致使克钦族大量难民逃往边境地区，双方在缅甸偏远北部地区发生战事，战事一直持续。

伴随战事，截至2015年底该届政府任期结束，联邦政府同克钦独立组织在中国瑞丽市举行了两轮和平谈判，没有显著成果。负责和平谈判的缅甸总统府部长昂敏此前曾乐观预计，将和克钦独立军在2013年底达成和平协议。

克钦独立军相关领导人，早丹三兄弟、布朗森、早迈、都宰、恩板腊

缅甸11世纪中叶形成统一国家后一直居于统治地位，19世纪，英国殖民者先后发动3次侵缅战争并于1886年正式在缅甸建立起殖民统治。

英国人一开始即对缅甸采取“七邦七省”分而治之的政策，有意识地把一些军政要职逐步让给克耶族、克伦族、克钦族和佤族等少数民族，并挑拨各少数民族与缅族的关系，诱发了缅甸民族分离主义的抬头。而另一方面，克钦族等缅甸少数民族中的大部分人也抛弃了传统的拜物信仰，改信基督教，与英国人合作对付缅族人。

根据2009年的统计，缅甸有约5913万人口，主要有缅族(约占69%)、掸族（约占8.5%）、克伦族(约占6.2%)、若开族(约占5%)、孟族（约占3%）、克钦族（约占2.5%）、钦族（约占2.2%）、克耶族（约占0.4%）等。各少数民族均有自己的语言，其中缅族、克钦族、克伦族、掸族和孟族等族有文字。

缅甸自1948年独立以来一直为民族矛盾、民族冲突所困扰，民族问题贯穿于民族独立的整个历史进程，成为影响缅甸政局、经济发展乃至国际关系的极为重要的因素。可以说，缅甸是世界上民族问题最为复杂的国家之一。有观点认为，缅甸民族问题的发展进程可分为3个阶段：1948-1962年吴努执政时期为产生阶段；1962-1987年吴奈温统治时期为全面激化阶段；1988年苏貌军政府上台为逐渐缓和阶段。

由于以前长时期的战争和未来可能的战争，“克钦政府”在军队建设上从来没有松懈过。按照“克钦政府”的规定：男子从13岁起就必须当兵，且终身不能退伍，即使以后不在军队里也只能算“休假”，有战事发生就必须马上回来；每户人家如果有5名子女必须3名参军，有3或4名子女必须两名参军，有两名子女必须一名参军；如果没有男子就招女兵。

按照克钦独立组织的统计，克钦独立军军力号称占到了克钦总人口7%，并宣称都是基督教徒。不过据知情人士介绍，实际上克钦军总兵力不超过1.5万人，分为5个旅，加上各种政府工作人员也只有3.2万多人；也有说法称只有8000人。

针对复杂的民族问题，缅甸新总统吴登盛2011年3月30日在联邦议会发表演说时，呼吁各民族加强团结，携手协作建设新的现代化民主国家。吴登盛说，缅甸需要依靠政治、经济和国防力量来建设国家。民族团结是重要的政治力量，需要以爱国精神加强各民族团结，“和平之桥已经架设，欢迎持不同意见的人前来合作”。

2012年2月，据路透社报道，由于政府与叛军的武装冲突，缅甸一万多人逃亡至中国云南省地区寻求避难，这有可能引发人道主义危机，并让中国陷入复杂的外交困境。据悉，难民多为妇女儿童和老人。

如今，中国政府容忍难民营的存在，但并没给出官方认可。

缅甸政府与该国最强大的反叛组织“克钦族独立军”发生冲突，致使克钦族逃往边境地区。

报道分析，此次冲突可能不利于缅甸就说服欧美国家取消对缅制裁一事所做出的努力。欧盟和美国都以缅甸政府同少数民族武装组织达成和平协议作为取消制裁的前提。

冲突的强度已经减弱，缅甸境内救援组织称所有的难民营都缺乏饮用水，部分营地痢疾横行。救援组织还是担心会有更多人逃离，使本已严峻的局面进一步恶化。

2013年1月初，缅甸北部克钦邦战事再次升级，缅甸官方电视台1月3日引述国防部的消息承认对克钦独立军发动空袭。联合国秘书长潘基文1月2日呼吁缅甸政府确保平民安全；美国国务院发言人纽兰敦促缅甸政府与克钦军停火，并开始和平对话。克钦武装人士1月3日表示，强大的军方不会受到缅甸政府的限制，他们的军事行动很可能打消西方对缅甸民主进程的期待。

缅甸政府军指责克钦独立军攻击政府运输车队，在克钦独立军总部拉咱一带发动较大攻势。此前，缅甸当局一直不承认对克钦独立军发动空袭。缅甸总统吴登盛办公室主任此前在接受媒体采访时表示：“缅甸军队没有进攻克钦，军用直升机和飞机飞往克钦是为驻扎在那里的、被切断后勤补给的政府军提供给养。”不过，克钦当地的高层人士却披露，战斗升级已经是一个多星期前的事，“政府军每天都要派至少2架武装直升机编队或喷气战斗机对克钦独立军总部拉咱驻地发动攻击。”这名高层人士表示，缅军试图对突然进驻拉央一处临时基地的部队进行武器弹药和粮食补给，而那里距离克钦独立军总部驻地拉咱仅一步之遥，克钦独立军感到威胁，因此拒绝允许政府军的补给车队进入，由此导致双方冲突升级。

缅甸政府军和克钦独立军相互指责对方首先采取军事行动，造成了冲突的升级。《缅甸新光报》3日发表文章，指责克钦独立军不断破坏公路、铁路运输，攻击警察哨所，并表示缅甸军队没有主动发起进攻。文章还说，缅甸联邦政府致力于民族和解，已经同10只少数民族武装签署和平协议，同时和克钦独立军进行了11次和平谈判。2012年10月30日，由于克钦独立军军事将领拒绝出席会议，导致双方谈判无果而终。政府军在12月30日的行动是为了清除KIA进攻政府军事补给线的据点。文章表示，在进攻中缅甸军队使用了“空中掩护”，此外政府军还缴获了大量弹药。

克钦独立军临时的总部，拉咱市位于中缅边界处，对面就是中国云南省边境城市盈江县那邦镇。盈江县那邦镇和保山市腾冲县的当地居民证实：“能看到武装直升机在向克钦进攻。还有的克钦人逃到我们的村寨去亲戚家里避难。”据称，在2012年12月28日和2013年1月1日，分别有2架缅军战斗机在攻击克钦武装时盘旋在盈江县那邦镇和保山市腾冲县上空。

2012年1月11日，一架政府军军机在拉咱坠毁。克钦独立军方面马上宣布，他们击落了这架直升机。但缅甸总统发言人在自己的“脸谱”主页上称，直升机坠毁是由于引擎损坏，而非被击落。

2012年12月30日18时30分，还有3发缅军炮弹落入盈江县那邦镇，损毁了一幢民居。

据法新社5月30日报道，缅甸政府与克钦独立组织达成初步停火协定。报道称，这是自2011年缅甸克钦独立组织与政府再次爆发冲突以来，双方首次在缅甸国内进行和谈。据悉，双方本次签订了包含7条内容的停火协定。缅甸和平中心官员称，双方已经同意停火，随后将具体对军队的重新配置问题展开讨论。

2015年2月9日，彭家声领导下的果敢同盟军在缅甸掸邦果敢地区同缅甸政府军士兵引发冲突，随后双方爆发激烈交火，21日，妙吞吴中将在首都内比都举行新闻发布会，点名了克钦独立军等5个缅甸民族地方武装，称他们也参与了反击缅甸国防军的军事行动。

2018年5月12日，缅甸政府军最高统帅、最高议会院长吴帝其可签署对其与周边的民族地方武装剿灭，政府军在缅甸北部城市木姐发生冲突，大批缅军士兵进入市区，枪炮声接连不断，就连紧近木姐的中国姐告也能清楚地听到枪炮声，已经有在路上的司机被流弹击中，但伤亡情况不详。中缅边境的木姐边贸通道暂时中断。

此前，缅甸政府军就与克钦独立军、德昂民族武装等组织在克钦邦的德奈等地区交战，使得大批难民逃亡密支那等地，而战火又蔓延到了掸邦的主要边贸城市木姐，已经有一部分木姐居民逃往中国边境一侧躲避。