公孙叡起初任东宫官员，逐渐升任仪曹长，赐爵阳平公。

显祖拓跋弘在苑内建宫殿，敕令中书省和秘书省群官制定殿名。公孙叡说：“我听说至尊至贵，没有比帝王崇高的；圣明的人谦逊，没有尊者谦虚更能显示光明的美德。陛下具有唐尧虞舜的圣德，保全道义颐养精神，不受外物束缚，宫殿的名称，应当符合圣明的意思。我以为应当称‘崇光。”奏请得到批准。

公孙叡任南部尚书时去世。追赠为安东将军、幽州刺史，谥号为宣。公孙叡的妻子，是崔浩弟弟的闺女，生儿子公孙良。