关于六根忏悔，《分别经》以六根为六欺，又有《文殊悔过经》的六根悔过、《现在贤劫千佛名经》的六根忏悔等，但最具代表性的是——依据《观普贤菩萨行法经》及其忏法、行法类，对六根所作的忏悔法。该经云（大正9·390c）：“普贤菩萨为于行者，说六根清净忏悔之法，如是忏悔，一日至七日。以诸佛现前三昧力故，普贤菩萨说法庄严故，耳渐渐闻障外声，眼渐渐见障外事，鼻渐渐闻障外香，广说如妙法华经。”

作是语已，遍礼十方佛。向释迦牟尼佛大乘经典，复说是言︰我今所忏，眼根重罪障蔽秽浊，盲无所见，愿佛大慈哀愍覆护，普贤菩萨乘大法船，普度一切，十方　无量诸菩萨伴，唯愿慈哀听我悔过，眼根不善恶业障法。如是三说，五体投地，正念大乘，心不忘舍，是名忏悔眼根罪法。（中略）我从多劫乃至今身，耳根因缘闻声惑着，如胶着草。闻诸恶时起烦恼毒，处处惑着无暂停时，坐此窍声劳我神识，墬堕三涂，今始觉知，向诸世尊发露忏悔。（中略）我于先世无量劫时，贪香味触造作众恶。以是因缘无量世来，恒受地狱饿鬼畜生边地邪见诸不善身，如此恶业今日发露，归向诸佛正法之王，说罪忏悔。（中略）此舌过患无量无边，诸恶业刺从舌根出，断正法轮从此舌起，如此恶舌断功德种。（中略）如此罪报恶邪不善，当堕恶道百劫千劫，以妄语故堕大地狱，我今归向南方诸佛发露黑恶。（中略）汝今应当身心忏悔，身者杀盗淫，心者念诸不善，造十恶业及五无间，犹如猿猴，亦如黐胶，处处贪着遍至一切六情根中。此六根业枝条华叶，悉满三界二十五有一切生处，亦能增长无明老死十二苦事。八邪八难无不经中，汝今应当忏悔如是恶不善业。