1938年12月成立。首相近卫文麿任总裁，外相、藏相、陆相、海相兼任副总裁。设第一部辖政治，第二部辖经济。该院设联络委员会。在中国北平、上海、青岛、汉口、广州、厦门等地设有分支机构。

日本政府于公元一九三八年(昭和十三)十二月第一次近卫内阁时，为对华政策一元化，倡议对华中央机构设置论，而设立兴亚院。因当时外务省认为，军部对华占领地区，不仅有支配权，且握有对华外交权限，起而反对，以致引起广田弘毅及宇垣一成两外相，发生辞职问题。于是兴亚院执行对华政策时，外交除外，办理有关政治、经济及文化等事务。并监督在华特殊公司之营业。于北平、张家口、上海及厦门等地，设置联络部，担当指挥现地工作。兴亚院设总裁一人，由首相担任。副总裁四人，由外相、陆相、海相及藏相(财政部长)四大臣担任。为决定处理中日战争之最高方针，有兴亚院会议之组织，由正副总裁及总务长官(初任为柳川平助)所构成。由于兴亚院之设置，军部除全面参与对华政策外，且有多数军人直接担任行政事务。一九四二年十一月，由于大东亚省之设立，兴亚院无存在之必要而废止。