在众多的植物种类当中，包括了多种药用植物（地榆、沙参、百合、刺梅、芍药、防风、柴胡等），食用浆果类植物（东方草莓、稠李、越桔、笃斯越桔等），以及食用植物（榛子、木耳、蘑菇、蕨菜、黄花菜等）。

根据《中国植被》中所采用的分类原则，湿地公园植被划分为4个植被型，6个植被亚型，7个群系组，8个群系，12个群丛。

湿地植被包括水生和草甸植被两个种类，主要有水葱、泽泻、慈姑、菖蒲、浮萍等。

湿地公园内脊椎动物，在我国动物地理区划中属于古北界、东亚亚界、大兴安岭亚区的大兴安岭省，共有脊椎动物29目70科217种，具体种类如下：

鱼类：湿地公园内鱼类共有4目7科14种，包括草鱼Ctenopharyngodon dellus、鲤鱼Cyprinus carpis、鲇鱼Silurus asotus、鳙鱼Aristichthys nobilis等。

两栖、爬行纲：湿地公园内两栖动物共有2目4科8种，包括中华大蟾蜍Bufo gargarizans、中国林蛙Rana chensinensis、黑龙江林蛙Rana amurensis、黑斑蛙Rana nigromaculata等。

湿地公园内爬行动物共有1目3科7种，包括胎生蜥蜴Lacerta vivipara、白条锦蛇Elaphe dione、虎斑颈槽蛇Rhabdophis tigrina、岩栖蝮蛇Gloydius saxatilis、乌苏里蝮蛇Gloydius ussuriensis等。

鸟纲：湿地公园内共有鸟类16目41科138种，其中国家一级保护鸟类1种，即金雕Aquila chrysaetos；国家二级保护鸟类27种，包括普通鵟Buteo buteo、长尾林鸮Strix uralensis、短耳鸮Asio flammeus等。

哺乳纲：湿地公园内共有哺乳动物6目15科50种，其中国家一级保护动物2种，包括紫貂Martes zibellina、貂熊Gulo gulo；国家二级保护动物6种，包括马鹿Cervus elaphus、兔狲Otocolobus manul、猞猁Lynx lynx等。

根据湿地公园资源特征和分布情况，结合湿地公园实际现状，将内蒙古巴林雅鲁河国家湿地公园划分为湿地保育区、恢复重建区、宣教展示区、合理利用区和管理服务区5个功能区。

集中了湿地公园内绝大部分湿地资源，包括全部水系及大部分沼泽湿地，是雅鲁河湿地生态系统的核心资源。

雅鲁河干流是雅鲁河源头的主要汇水区域，是整个松花江流域水质最好的流域之一，同时也是雅鲁河河流湿地生态系统存在的根本。

该区域主要为湿地公园与村镇的过渡区域，通过划定恢复重建区，对该区域内部分受到破坏的湿地进行生态恢复，同时通过人工防护林等建设，将湿地保育区与与村镇的过渡区域相分隔，起到生态屏障的作用。

该区域湿地自然条件良好，湿地类型全面，生物多样性丰富，适宜开展科普宣教活动，具有很强的科普宣教意义。

此外，该区域下游紧邻喇嘛山国家森林公园，交通较为便利，便于未来与喇嘛山国家森林公园进行联动发展。

“马圈”所处位置现有少量建设用地，利于旅游服务设施的构建，同时该区域湿地自然条件良好，湿地类型全面，生物多样性丰富，适宜开展湿地观光游览项目。

此外，合理利用区可结合宣教展示区未来共同与喇嘛山国家森林公园进行联动发展。

巴林林业局中心苗圃管理区域已建有一定的管理设施，规划可结合利用现状管理设施，从而减少相关工程设施的建设，同时巴林林业局中心苗圃所在位置交通便利，基础设施条件较好，有助于建设和完善湿地公园的服务管理功能。

2015年12月31日，国家林业局发布《国家林业局关于同意河北张北黄盖等137处湿地开展国家湿地公园试点工作的通知》（林湿发[2015]189号）文件，批准建设内蒙古巴林雅鲁河国家湿地公园（试点）。

内蒙古巴林雅鲁河国家湿地公园已纳入《国家湿地“十三五”规划》，按照“保护优先、科学恢复、合理利用、可持续发展”的基本原则，发挥湿地公园的科普宣教等功能，将湿地公园建设成为内蒙古自治区生态文明建设示范窗口，通过国家湿地公园的建设，充分发挥湿地在区域发展中的生态、社会和经济效益，让公众在领略湿地自然风光的同时，了解湿地文化在生态文明建设进程中的作用，提高公众的生态意识，促进区域经济的可持续发展，实现人与自然的和谐相处。

湿地保护管理机构实行“湿地公园管理委员会→湿地保护管理站”的二级管理模式。包括1个湿地管理委员会，3个湿地保护管理站。

湿地管理委员会设在巴林镇，湿地保护管理站分别为博克图镇1处、雅鲁林场1处和管理服务区1处。

2023年8月，内蒙古巴林雅鲁河国家湿地公园工作人员上山普查外来入侵物种时，意外发现国家一级濒危野生植物大花灼兰。