内蒙古自治区文物保护中心为内蒙古自治区文化和旅游厅（原内蒙古自治区文化厅）所属的相当于正处级事业单位，内设科级机构2个：办公室、业务科，核定事业编制12名，主要工作是宣传贯彻国家和自治区文物法律法规，开展全区重点文物保护单位的建档立卷工作；负责收集、整理、存储、发布全区各类文物信息；加强文物保护科学研究，负责对文物资源实行日常监测和管理，提出保护维修方案；组织参与文物保护理论研讨活动，承办全区大型文物研究保护交流研讨会；依法配合有关部门开展打击走私文物犯罪活动专项工作和涉案文物鉴定工作。