2001年，国债血站建设项目投资1000万元，在呼和浩特市赛罕区金桥经济技术开发区世纪四路建成新业务大楼，2004年10月1日搬迁至新址。

内蒙古自治区血液中心占地面积10650平方米，建筑面积4279平方米。有职工128人，有在职职工106人，其中副高以上职称者22人(20.75%)，中级职称者40人(37.74%)，初级职称者18人(16.98%)。卫生技术人员占职工人数的75.47%。设有血液保障、检验、质控、血液成分、输血研究等12个科室，拥有血小板震荡仪、血细胞分离机、全自动酶免检测系统等先进的仪器设备。可提供浓缩红细胞、浓缩血小板、冷沉淀等十余种成分血液；能开展自体造血干细胞采集术、血浆置换、冰冻血小板、冰冻红细胞、产前及新生儿溶血病血型血清学检查；建立了2679人的应急无偿献血队伍，208人的Rh阴性献血者队伍， 150余人的自愿无偿捐献机采血小板队伍。是具有献血管理、采供血、 成分血制品生产、输血研究以及全区输血技术指导和人才培训等综合能力的自治区级血液中心。