1、按照内部控制缺陷的本质分类

(1)设计缺陷

设计缺陷是指企业缺少为实现控制目标的必需控制，或现存的控制并不合理及未能满足控制目标。分为系统的缺陷和手工的缺陷。

(2)运行缺陷

运行缺陷是指设计合理及有效的内部控制，但在运作上没有被正确地执行。包括不恰当的人员执行，未按设计的方式运行，如频率不当等。例如：“物资采购申请金额已超其采购权限，却未向上级公司申请安排大宗物品采购”(这存在权限管理规定，却未在实际操作中妥善执行)。

2、按照内部控制严重程度分类

(1)重大缺陷

重大缺陷也称实质性漏洞，是指一个或多个控制缺陷的组合，可能严重影响内部整体控制的有效性，进而导致企业无法及时防范或发现严重偏离整体控制目标的情形。