根据《国务院关于调整五个军工总公司所属学校管理体制的决定》(国发〔1999〕3号)，《国务院办公厅转发教育部等部门关于调整五个军工总公司所属学校管理体制实施意见的通知》（国办发〔1999〕24号），对原中国船舶工业总公司、中国兵器工业总公司、中国航空工业总公司、中国航天工业总公司、中国核工业总公司等五个军工总公司所属的普通高等学校、成人高等学校的管理体制进行调整。普通高等学校原则上都实行中央与地方共建，对北京航空航天大学、西北工业大学、南京航空航天大学、哈尔滨工业大学、北京理工大学、南京理工大学、哈尔滨工程大学7所学校，在实施共建中与其他学校有所区别，为国防科工委所属学校，日常管理以地方为主，重大事项以国防科工委管理为主。其余学校军工高校以地方管理为主。