2011年6月，经国家农业部批准，总投资1800万元的农业部动物疾病临床诊疗技术重点实验室在内蒙古农业大学成立。

成立农业部动物疾病临床诊疗技术重点实验室旨在加强对动物疾病（特别是普通病和感染性疾病）的研究和防治，充分发挥我校的区位优势和人才优势，建立一个动物疾病诊疗技术研究、防治的平台，解决上述突出问题，使动物疾病诊疗与防治工作尽快适应畜牧业生产和相关产业快速发展的需要。使其成为在动物疾病临床诊疗技术领域人才培养、科学研究、社会服务、技术推广等方面的重要基地。

农业部动物疾病临床诊疗技术重点实验室主要围绕“突破一批农业应用基础研究的关键性难题，发展一批农业重点学科和新兴学科，造就一批高水平的学术带头人”三大任务，开展家畜普通疾病诊断与治疗技术、动物感染性疾病病原生物学、兽药残留残留检测技术等方面的研究，努力建立全面完整切实可行的动物疾病临床诊疗技术体系；重视无残留、无污染、符合动物性食品安全的新型药品的研制与开发，突破我国动物疾病临床各项检测、监测和诊疗方面的关键性技术难题，开拓家畜疾病临床诊疗的新思路和新途径，提出系列家畜疾病诊断、防控的新理论和新策略。