中心内设办公室、项目管理处、成果转化处、技术合作处、植物新品种保护处、植物新品种测试处、基因安全管理处、转基因生物安全检定处、能源生态建设处、质量标准处等10个职能处室，现有在职职工58人，处级以上干部职数22人，实有18人，其中主任1人、副主任3人、正处长10人、副处长8人。在职职工中，有博士学位5人，硕士18人，大学本科30人，具有高级专业技术职务资格的20人。经农业部批准，中心加挂“农业部植物新品种测试中心”和“农业部转基因生物安全监管中心”两块牌子。中心业务归口农业部科技教育司，主要开展农业科技管理、植物新品种保护、农业转基因生物安全、农村能源与生态环境建设、农业标准化与农产品质量安全管理等工作，为农业部科技教育司和市场信息司提供技术支撑和服务。