1949年11月，冯汉元加入中国青年艺术剧院。1958年，参演由金山执导的话剧《丽人行》，在剧中饰演日本宪兵军曹。1959年，参演话剧《降龙伏虎》。1963年，参演由石羽执导的话剧《三代人》。

1979年，参演话剧《权与法》。1980年，出演个人首部电影《邻居》，在片中饰演性格率真倔强，作风正派，原则性强的建筑工程学院顾问刘力行，他凭借该片入围第2届中国电影金鸡奖最佳男演员奖。

1982年，与戴呐合作主演根据沈从文同名小说改编的剧情电影《边城》，在片中饰演疼爱外孙女翠翠的老船夫，他凭借该片入围第5届中国电影金鸡奖最佳男主角奖。1983年，在话剧《泥人常》中饰演算命术士柳先生。

1985年，出演由杨在葆执导的剧情电影《代理市长》，在片中饰演药剂工程师李华心扬。1988年，出演改编自许地山同名小说的剧情电影《春桃》。1998年，由其出演的电视剧《商旗》播出。2004年，与蒋雯丽、崔林联合主演剧情电影《台湾往事》，在片中饰演心中一直挂念着远在河洛故乡的中医祖父。