幼年聪颖好学，7岁入学，9岁学《孟子》。15岁父殇后，“尊母教读书兼理农商”，后就学于汾阳西河书院和省城晋阳书院，寒窗十载，博学成才。光绪二十年（1894）甲午科中举。

冯秋航一生以兴学为己任，认为“欲振兴庶务，非人才众多不可；欲培养人才，非教育得法不可。”光绪三十年（1904）东渡日本，就读于日本明治大学之分校经纬学堂，研究东西各国学说，认为“学无分中外，有识者专用力于本原，无知者日张皇于末艺。”他深感我国人才之缺乏，弊在科举，主张罢科举而兴学堂。归国后即于光绪三十二年（1906）春，在太原创办全晋公立中学堂，被推为教务长。在孝义兑九峪（今兑镇）创办高等小学堂，在太原创办公立女子学堂。被誉为“山西兴新学之先声”。宣统三年（1911），任中央教育会议员。

光绪三十三年（1907），早就觊觎晋省丰富煤铁资源的英国福公司，在清政府的支持下，与山西商务局签订了《山西开矿制铁以及转运各色矿产章程》，投资折银二百万两，取得平、盂、潞、泽等地煤铁开采权，晋人大哗。冯秋航与缙绅渠本翘、刘笃敬、王霖等四处活动，在全省筹银二百七十五万两，赎回矿权，并兴建保晋公司取而代之，从此山西出现了第一个初具规模的煤矿开采企业。