1940年7月5日，抗团当时在北平的负责人李振英（北大化学系学生、爆破专家）在未名湖召集冯运修、叶于良（北大学生）、孟庆时（北京育英中学学生）等行动人员，宣布根据上级（即军统组织）提供的情报，日伪组织将在7月7日于中山公园举办“日军圣战胜利三周年”庆祝会，抗团决心狙击到场主持日伪合作的汉奸巨头，以示惩戒，首选目标为伪《新民报》社长、总编辑吴菊痴。如果吴菊痴不好打，就打次要目标——新民会副会长陈辋子。

那时，在未名湖的湖心岛有一个地下密室，抗战时期一直是抗团的秘密集会地点，并有军统组织人员长期驻在那里指挥和策应行动，直到太平洋战争爆发、日寇进入燕京大学、司徒雷登校长被捕为止。太平洋战争爆发当天，八路军平西军分区曾经派出手枪队前往北大接应欧美教员撤离，试图营救司徒雷登，但他早被日军派人盯住，因此未能救出，只救出了英籍教师班威廉、林迈可和法籍教师德力。

因此，抗团1941年前在北平最重要的据点，就是北大的湖心岛，而在天津最大的据点，则是成之先生担任少东家的远东饭店。到了这两个地方，抗团成员形容就是“进了保险柜”。

7月5日会议的结果是定下了行动计划，设立两个行动组，一个由李振英、冯运修组成，负责狙杀主要目标吴菊痴，一个由叶于良、刘永康（天津广东中学学生）组成，负责在第一组失败的情况下狙击陈辋子。孟庆时、纪采凤（贝满女中学生）、李时勉（北大学生）等负责联络和接应。李振英、冯运修都是较有经验的行动人员，而叶于良、刘永康都是第一次进行狙击行动，从这个配置可以看出暗杀的侧重点是当时在北平伪报界被称为“第一支笔”的吴菊痴，因为他的影响远远比陈辋子高。

7月7日，日伪“日军圣战胜利三周年”庆祝会准时召开。吴菊痴作为主持，表现得十分活跃。与此同时，抗团成员也皆利用各种社会关系进入了中山公园社稷坛会场，但很快就发现当天日伪军警戒备十分严密，根本没有掏枪的机会，即便侥幸开枪，想要安全撤离也是十分困难的。于是抗团负责人决定临时改变计划，改在会场外下手刺杀，只令孟庆时等在会场内散发传单，而原打算在刺杀之后抛洒传单的方式也改成了悄悄在人群中散发。负责悄悄发传单的是两个女学生，即纪采凤和朱慧珍。台下的群众看到两个穿着时髦的小姑娘忽然递来抗日宣传品，大家都心照不宣，偷偷地揣了起来，没有一个人向日伪报告，台上台下两个世界。

抗团成员之一的叶于良后来回忆说：那帮汉奸在台上鼓吹什么“大日本皇军”，什么“丰功伟绩”，在这个时候冯运修就跟我说，“太可恨了，汉奸太可恨了，我们现在就给他枪毙了算了！”这时候李振英说不行，说大会上这么多人，里边汉奸也多，特务也不少，一开枪大家就全暴露了，不安全。所以我们就没有动手。

很快，庆祝会结束了，日伪要人纷纷散去。吴菊痴出了会场后上了一辆黄包车，冯运修和叶于良骑车尾随，准备寻机下手。

然而，吴菊痴没有走回新民报社的路，而是直接去了同和轩饭店。原来，这天吴菊痴和白玉霜有约，打算会后去同和轩饭店跟文艺圈的朋友小聚一聚。计划赶不上变化，冯运修他们只好先跟去饭店。负责人李振英派刘永康进饭店打探，刘永康出来后说饭店内地方小，摆设多，人多眼杂又容易误伤，并且不利于顺利撤退。于是，冯运修和叶于良等人决定在饭店门外死守。由于这些抗团成员衣着举止都很得体自然，因此并没有引发怀疑。等了大约一小时后，吴菊痴终于出来了，出门后叫了黄包车，向东南宣武门方向而去，冯运修和李振英立即骑车尾随上去。叶于良、刘永康则留在原地等待陈辋子。

行进中，李振英压低帽檐，示意冯运修上前下手，自己拔枪在后接应。于是，冯运修加快车速，紧紧尾随在吴菊痴车后。

当黄包车行到旧师大教师宿舍门前（新华门外大街）时，附近胡同中突然出来一队大户人家的送殡队伍，吹吹打打，一片嘈杂。吴菊痴的车夫为了让路停下来。此时，吴菊痴和车夫的注意力都被送殡队伍吸引了过去。

机不可失，时不再来。冯运修见有机可乘，遂猛蹬两下车子，靠近吴菊痴的车侧，单手持枪，对着吴菊痴的太阳穴连开两枪。因为距离近、射击精确，吴菊痴一声未吭，当即毙命。

冯运修当时使用的武器是绰号“掌心雷”的勃朗宁M1906袖珍手枪，这种枪体积小，枪长仅11.4厘米，枪内能装6发长度为1.6厘米的小子弹，威力小，射程短，通常是显要人物的护身武器，故用于战斗威力不大，但用于刺杀却因为枪声小而备受青睐。再加上有吹吹打打的送殡队伍的掩护，所以甚至就连吴菊痴前方咫尺之遥的车夫都没听到枪声，直到冯运修等人安全撤离后，才有人发现了歪倒在黄包车上的吴菊痴。之后，吴菊痴的尸身被送往市立医院检验，“经该院外科主任、日本人宫下公平检验，吴菊痴尸身头部左耳稍上部枪伤一处，左耳后耳根枪伤一处，子弹打入头部。”

冯运修射击以后没有停车，而是迅速向前骑行，按照原定计划，一路绕回到西四家中去了。李振英则迅速发出“得手”的信号，通知叶于良、刘永康等中止刺陈的行动，迅速转移。

吴菊痴之死给北平日伪方面极大的震动，但当天进行的大搜捕却一无所获，抗日杀奸团的人员已经如鱼入大海，脱身而去了。

1940年8月，日本华北特高课和北平宪兵队牵头，行动当天之前不和北平伪警方联系，直接调动伪满警察进入北平，利用已经掌握的线索对抗团成员开始了大逮捕。1940年8月6日深夜，日本宪兵队包围了冯运修在受壁胡同（今西四北四条）甲12号的住所，警觉的冯运修立即发觉有变，悄悄起床并取枪走出卧室。此时，日军尚未完全合围，如果他立即越墙逃走，并非没有生路，但冯运修负责抗团组织材料和行动文件的保管，假如这些材料落入日军手中，后果不堪设想，因此，冯运修立即携带文件退到厨房进行焚毁。

这时日军即破门而入，冲入冯家小院，将冯运修的父亲冯愰、弟弟等人捕获，随即发现冯运修藏身的地点，日本特务即喊话叫冯运修投降。冯运修不予置答，继续冷静地烧毁文件。日军闻到烧纸的味道，恍然大悟，试图强行冲击，冯运修果断开枪反击。因为他射击准确、弹药充足（冯运修亦负责保管北平抗团的枪支弹药），僵持良久，特务们只携带短枪，压不住冯运修的火力，无法靠近冯家厨房。这时周围居民纷纷被枪声惊醒，意识到有人在和日军枪战。

枪战中，投身日本宪兵队的伪北平宪兵队特务科科长、汉奸袁规心生一计，将冯运修的父亲推在前面挡子弹来逼近冯运修的藏身之地。但袁规未想到冯运修枪法极好，一枪擦过其父耳边正中探头窥视的袁规颈部，袁规应声倒下，后来被送到同仁医院救治得以保全性命。

见此情景，日伪特务纷纷爬上院墙，一面劝降，一面对冯运修藏身之处射击。冯运修宁死不降，从窗口奋力还击。枪战中，一名叫西城吉次的日本宪兵被冯运修击中，从院墙上落入院内毙命。打到中间，日军将机枪架起来对冯家厨房中扫射，冯运修的枪声才告终止。日伪特务进入房中检视，发现冯运修身中数弹，已经奄奄一息。冯运修右手中弹，左手持枪，显然是右手负伤后依然死战良久。日伪军警在冯家院子里搜出左轮手枪三支、勃郎宁手枪一支、子弹28发、电报机一台、短波真空管无线电收音机一台、无线电器材若干，还有电报密码、人名单、一捆信件等。

此时的冯运修因伤情严重，已经气息微弱不能说话了。为了获取口供，日伪警察将冯运修送到南边不远的中央医院。1940年8月8日夜，冯运修牺牲在中央医院。

冯运修在学校时一直是品学兼优，1940年，他顺利考入北京辅仁大学。然而，在1940年8月6日这一天，冯运修凭着一把手枪与一群职业军人浴血奋战，最终寡不敌众，将生命定格在了19岁这一年。冯运修牺牲的时候，距离大学开学还不到一个月。他和日军进行枪战的消息，第二天北平的报纸曾有报道。

因为冯运修的父亲同时被捕，他牺牲的前后经过才得以流传下来。而且，冯运修的父亲也对抗日颇为同情，巧妙地向抗团成员传出了冯运修已将文件销毁的消息，因此得知消息的抗团成员多能咬牙坚持，不承认日伪的指控，颇有一些人因此而无法定罪，最后得以逃出魔窟。

1941年军统纪念历年殉国人员的“四一大会”上，冯运修也在纪念名单之列，并有照片受祭。但按照成之先生所说，包括冯运修在内的抗团成员，除李如鹏外，其实并不是军统的成员，其顽强不屈直至以身殉国，并非为了荣华富贵，不过因为有一腔爱国的热血而已。