分子系统发生学是应用分子数据重建系统发生关系的学科。《分子系统发生学》全面系统地论述了分子系统发生学的基础、原理、方法及应用。《分子系统发生学》由18章组成，可以归纳为五大部分：第一部分包括第1～3章，分别介绍了系统发生和系统树的基本知识；第二部分包括第4～7章，是分子系统发生分析的基础，其中第4章和第5章是分子系统发生学的信息学基础，第6章是数据集系统发生信号评估，第7章讨论了分子进化模型及模型选择原理与方法；第三部分中的第8～12章是各种系统发生分析方法，分别就目前主要的系统发生分析方法（距离矩阵法、简约法、贝叶斯推论法和系统发生网络法等）从原理、软件操作、应用及局限性等方面进行了详细的介绍，第13章讨论了系统发生假设检验的原理和方法，第14章讨论了系统发生分析可靠性与影响因素；第四部分主要涉及各类数据集分析策略，其中第15章总结了不同类型数据的分析策略，第16章对复杂数据系统发生的分析策略与方法进行了详细地介绍，第17章是多基因数据分析策略和方法；最后一部分即第18章是系统树的可视化、注释与应用方面的内容。