分子纳米技术（Molecular nanotechnology）是一种用机械合成办法建造复杂分子结构的技术。这和纳米尺寸材料不同。它是以理查德·费曼用纳米机器建造复杂产品小型工厂所得经验为基础的技术。这种先进的形式可利用由分子机器系统引导进行位置控制的机械合成。分子纳米技术由经化学证明的物理，其它纳米技术，分子机械和工程原理而构成。

一般化学用不精确的过程得到不精确的结果；而生物开拓了用不精确的过程得到确定的结果；分子纳米技术用原来确定的过程而得到确定的结果。分子纳米技术希望在一定位置控制去平衡分子反应而得到所希望的化学反应。然后进一步集成这些反应的产品。

分子纳米技术目前尚处于初始发展阶段。尚没见到实用性的成果。