生物大分子进化的特点之一是，每一种大分子在不同生物中的进化速度都是一样的,并且与年代间隔以及所处环境无关。蛋白质分子进化速率计算公式：

Kaa=(daa/Naa)/2T。

式中：daa为两种同源蛋白质中氨基酸的差异数，Naa为同源蛋白质中氨基酸残基数，T为2种生物的分歧进化时间。每个密码子每年的突变频率约为(0.3-9)×10^-9.