选择分析线需要综合考虑灵敏度、抗干扰性能等因素。在测定某元素的含量或浓度时，所指定的某一特征波长的谱线，一般是从第一激发态状态下跃迁到基态时，所发射的谱线，即共振线。但是，并不是在任何情况下都一定要选用共振吸收线作为分析线。在共振线受干扰严重时应选用其他线作为分析线。

例如，Hg、As、Se等的共振吸收线位于远紫外区，火焰组分对其有明显吸收，故用火焰法测定这些元素时就不宜选择其共振吸收线作分析线。又如，在分析较高浓度的试样，有时宁愿选取灵敏度较低的谱线，以便得到合适的吸收值来改善校正曲线的线性范围。而对于微量元素的测定，就必须选用最强的共振吸收线。另外，当被测定元索的共振吸收线受到其他共存杂质元素的发射或吸收线重合时，将产生干扰，应加以注意。