提举河北便籴。会永宁云翼军士谋为变，吏穷捕，党与谋劫囚以反，百姓窃知多逃避。元瑜驰至，斩为首者，其馀皆释去不问。历京西、河东转运使，迁右司谏。劾奏“集贤校理陆经谪官在河南日，杖死争田寡妇，且贷民镪，监司列荐其才，投托权要，遂复馆职，请重置於法，并坐保荐者。”诏属吏，遂窜经袁州。

又疏“李用和、曹琮、李昭亮不可典军；梁适不当翰林学士；范仲淹以非罪贬，既复天章阁待制，宜在左右；尹洙、余靖、欧阳修皆以朋党斥逐。此小人恶直丑正者也。”既而与靖等相失，反言：“前除夏竦为枢密使，谏臣数人摭其旧过，召至都门而罢之。自此以进退大臣为己任，激讦阴私为忠直，荐延轻薄，列之馆阁，以唱和为朋比。近除两府，出自圣断，独党人以进用不出于己，议论纷然，臣恐复被疏罢矣。前日孙甫荐叶清臣，毁丁度，效此也。”因论：“靖知制诰不宜兼领谏职，且奉使契丹，对契丹主，效六国语，辱国命，请加罪。”修、靖深恶之，繇是论者以元瑜为奸邪。