万历四十一年（1613）二月中旬刘廷元劾光禄寺少卿于玉立：“依附东林，风波翻覆，宜显斥”。万历四十二年巡视光禄寺。在辛亥京察后，宣党、昆党遭受重大打击，朝堂上又形成了齐、楚、浙三党，刘廷元与给事中姚宗文即为浙党领袖。李三才饶有智略，为东林干将，时虽已被劾居家，然各敌对派害怕其再被任用，因此御史刘光复弹劾他盗用皇木二十二万根营建私邸，而且说李三才与于玉立遥相呼应，他想任用的，吏部就为他推举。随后刘廷元与御史潘汝桢也为其助力。万历四十三年（1606）五月梃击案发生，刘廷元率先审问犯人张差，将结果上奏给皇帝：“犯人名叫张差，是蓟州人，只听到他说吃斋讨封，语无伦次。看他的迹象，像得了疯病，看其貌，实在是狡猾。请交给法司严格审讯。”万历四十四年（1616年）巡按真定府。万历四十五年（1617年）丁巳京察，刘廷元与齐党领袖亓诗教居间把持，将东林党、秦党诸敌对派成员尽皆贬官或罢黜，同时也包括朝堂上残存的宣党成员，以及未有明确政治倾向的“清流”官员。有布衣汪文言，素游东林党人黄正宾、于玉立之门，习知党人本末，被于玉立派遣进入京城实施离间计，并大获成功。浙党邹之麟，因欲入吏部任官不得，遂转恨齐党，并言：“齐人张凤翔为文选，必以年例斥宗文、廷元。于是齐、浙之党大离。”姚宗文、刘廷元皆为浙党主要成员，于是齐、浙两党渐行渐远，以亓诗教、赵兴邦为首的齐党权势日衰。万历四十八年（1620年）巡按顺天府。