1993.04-1994.11，沈阳铁路局局长、党委副书记；

1994.11-1996.08，铁道部党组成员、运输总调度长（其间：1995.09-1996.07在中央党校一年制中青年干部培训班学习）；

1996.08-2002.09，铁道部副部长、党组成员（其间：1997.01-2000.04兼任中国联合通信有限公司副董事长；1995.09-1998.07在中央党校培训部哲学专业在职研究生班学习）；

2002.09-2003.03，铁道部党组书记、副部长；

2003.03-2011.02，铁道部部长、党组书记。

第十六届、十七届中央委员。

2011年2月以来，经中共中央批准，中共中央纪委对中共中央委员、铁道部原部长、党组书记刘志军严重违纪问题进行了立案检查。

经查，刘志军滥用职权帮助北京博宥投资管理集团公司董事长丁羽心获取巨额非法利益，造成重大经济损失和恶劣社会影响；收受他人巨额贿赂和贵重物品；道德败坏；对铁路系统出现的严重腐败问题负有主要领导责任。

刘志军的上述行为已构成严重违纪，有的问题已涉嫌犯罪。依据《中国共产党纪律处分条例》等规定，经中央纪委常委会议研究并报中共中央政治局会议审议，决定给予刘志军开除党籍处分，待召开中央委员会全体会议时予以追认；给予刘志军开除的行政处分由监察部按程序报国务院审批后，另行作出；收缴其违纪所得；将其涉嫌犯罪问题移送司法机关依法处理。

2011年2月15日，全国人大常委会免去其铁道部部长职务。

2011年12月28日上午，国务院常务会议作出了对“7·23”甬温线特别重大铁路交通事故的处理决定：铁道部原部长刘志军、原副总工程师兼运输局局长张曙光对事故发生负有主要领导责任，因涉嫌严重违纪违法问题，另案一并处理。

2012年5月，铁道部原部长、党组书记刘志军严重违纪被开除党籍。

2012年11月4日，十七届七中全会审议通过中纪委关于刘志军严重违纪问题的审查报告，确认中央政治局作出的给予刘志军开除党籍的处分。

北京市第二中级人民法院经审理查明：1986年至2011年，刘志军在担任郑州铁路局武汉铁路分局党委书记、分局长、郑州铁路局副局长、沈阳铁路局局长、原铁道部运输总调度长、副部长、部长期间，利用职务便利，为邵力平、丁羽心等11人在职务晋升、承揽工程、获取铁路货物运输计划等方面提供帮助，先后非法收受上述人员给予的财物共计折合人民币6460万余元；刘志军在担任铁道部部长期间，违反规定，徇私舞弊，为丁羽心及其与亲属实际控制的公司获得铁路货物运输计划、获取经营动车组轮对项目公司的股权、运作铁路建设工程项目中标、解决企业经营资金困难提供帮助，使丁羽心及其亲属获得巨额经济利益。

2013年6月9日上午8点30分在北京市第二中级人民法院公开审理的原铁道部部长、党组书记刘志军涉嫌受贿、滥用职权案，中午12时休庭。被告刘志军的辩护律师钱列阳表示，庭上控辩双方辩论焦点在涉案金额，刘志军对所涉罪名无异议。检方指控刘志军涉嫌受贿罪、滥用职权罪，并认为其涉案金额为人民币6460.54万元。刘志军对两项罪名表示无异议，但对涉案金额中的4900万提出质疑，认为不属于受贿。

2013年7月8日，北京市第二中级人民法院对原铁道部部长刘志军受贿、滥用职权案作出一审宣判，对刘志军以受贿罪判处死刑，缓期二年执行，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产；以滥用职权罪判处有期徒刑十年，数罪并罚，决定执行死刑，缓期二年执行，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产。

2014年9月，办理刘志军案的法官邱波称刘志军案冻结资产30亿，审理报告超10万字。他说那段时间每天都觉得像在走钢丝，先后奔赴北京、上海、太原等地100多家银行，冻结关联赃款赃物等资产近30亿元，为翻阅多达400多册卷宗，仅审理报告就撰写了10万余字。

我作为一个农民的孩子，本应该为中国铁道、为中国梦做更多的贡献，但是因为放松了自己的学习，放松了思想上的警惕，走到了这条道路。

2015年10月26日，刑罚执行机关以罪犯刘志军服刑期间无故意犯罪为由，建议将其刑期减为无期徒刑，剥夺政治权利终身，没收个人全部财产不变。

2015年11月16日，北京市高级人民法院对罪犯刘志军减刑案件的基本情况进行公示。