顺治二年，擢弘文院学士。九年，充会试副考官。授浙江福建总督。时郑成功据厦门，陷漳浦、海澄、南靖诸县，上命其父芝龙作书，敕清泰谕降。十年二月，清泰疏劾巡抚张学圣、巡道黄澍、总兵马得功前此侦成功赴粤，潜袭厦门，攫其家赀，致成功修怨，连陷城邑，学圣等并坐黜。三月，清泰得成功报芝龙书，略言就抚后，原得浙东、岭南地驻兵。清泰疏上闻，并论成功语浮夸，议抚当详慎，上嘉其远虑。五月，平南将军金砺攻海澄，以饷不继，还军漳浦。会上敕封成功海澄公，畀以泉、漳、惠、潮四郡地，遂罢兵。清泰请驻军浦城备不虞，从之。

顺治十一年，疏言：“成功虽降，不剃发，其党逞掠如故，降无实意。宜发禁旅赴福建，驻要地，资策应。”下诸王大臣议。清泰旋以病乞假，还驻杭州。成功发兵攻陷漳、泉，上授郑亲王世子济度为定远大将军，率师讨之。左都御史龚鼎孳疏劾清泰当金砺攻海澄，不能同心合力，及招抚未定，又不控扼险要，致海疆被陷，坐夺官。十八年，圣祖即位，起秘书院学士，授河南总督。