别廷芳推行的地方自治，主要是宣扬“以自卫保护自治，以自治促进自养，以自养根治穷和乱”，从而达到所谓的“路不拾遗，夜不闭户，村村无讼，家家有余”的目标。

为办好地方自治，别廷芳在政治、军事、经济、文化教育上采取一系列强硬措施，并实行“治乱世用重典”的高压手段，在一定程度上一度达到了“路不拾遗、夜不闭户”的目标。

他先从军事入手，将全县凡年满18至35岁的青壮年男丁整编为9个团，按其年龄分别编为12个常备营和18个预备营，人枪共计2万余。常备营即职业兵；预备营是经训练后发给枪支，平时务农，有事召之能战。为增强民团军事素质，民国17年至民国18年（1928年至1929年），分别在西峡口和内乡县城隍庙设立教导团，培训军事骨干，依靠骨干训练团丁。民国18年又在石创寨（后迁至铁佛寺）建立造枪厂，十余年造步枪2万支，轻重机枪1800挺，迫击炮150门，炮弹数万发，手榴弹数万枚，逐步改善了团队的武器装备。同时，为了便于军事行动，他还倡修公路，架设电话，加强县、区、乡、镇的交通和通讯联系，从而把当时的内乡县全境完全控制在他的统治之下。

政治上实行严密的保甲制度。他将全县划分设置9个区，72个联保，320个保。即将百姓每十户编为一甲，设甲长；十甲编为一保，设保长；十保编为一联保，设联保主任；联保以上设区，各区成立“调解委员会”，处理民事纠纷。甲长与户下，甲长与保长，保长与联保主任均要实行“切结”、“连坐”之法，即一人犯法全家连坐，一家犯法保甲连坐。“民所以一遇匪警莫不群起捕之”，地方因而安定。为防止外地人入境，于民国20年（1931年）又颁发了“五证”：即出门证、迁移证、乞丐证、小贩证、通行证，作为保甲制度的补充办法，从而将别认为“素行不端”、“行迹可疑”之人迅速查明。因此，抗日战争前的内乡县，不仅从鄂豫皖苏区西征的红军在此受阻，就连国民党军队和其他散兵杂勇，也很难在此立足。

在教育上，他严禁青年到外地求学，主张在本地广办学校，培养地方自治和为其统治服务的“人才”。并规定教学原则只讲地方自治和五经四书，以及植树、种田一类的生产技术知识。他创办天宁寺宛西乡村师范学校，专门培养自治基层骨干，当时的区长、保长、联保主任多是由天宁寺培养的毕业生。除此，他还利用祠堂、庙宇，在各区办初小、高小。至民国27年（1938年），共创办小学235所。同时，每联保办一民众小学，组织编写《民众课本》，利用冬闲夜晚，进行民众扫盲教育，极力向农民灌输地方自治思想。

在经济上主张植树造林，治河改地。自民国18年（1929年）开始，他邀请具有科学技术知识和多年植桑经验的陈凤梧为他指导植树造林。一到冬季，便征调数以万计的民工，浚河挖渠，修堤筑坝，插柳植树。经多年经营，在湍、默、丁、灌等河岸增开河田、稻田约670多顷，造林8000万株，修筑渠堤145道，继而又修成浇地五千余亩的石龙堰大渠。为了开源节流，先后创办了水电、丝绸、玻璃、造纸、制锅、酿酒等工厂及农具制造所，并推行禁止“大烟”（鸦片）、纸烟、洋靛、洋货、赌博五大禁令。

民国17年（1928年）别开始发行“内乡县金融流通券”（纸币），建立独立的金融体系。这种流通券曾一度沿公路经镇平、南阳、叶县一直使用到许昌。为进一步掌握全县经济命脉，民国22年开始丈量土地，制定了“稞石册”，清理田赋，整理契税，建立地方财政。

别廷芳为宣扬其“自治功绩”，曾请陈凤梧、杨仪山等地方文人，为他著书立说，歌功颂德；并以他的名义出版发行了《治河改地》、《植树经验谈》、《农业浅说》和《地方自治》等小册子，不仅散布内乡及宛属各县，而且派人送给蒋介石及全国各地国民党高级官员。

别廷芳的统治手段是极其残酷的，他所奉行的信条是杀戮政策。在推行地方自治的期间，一直实行苛政，曾以禁吸烟而杀死过卖纸烟的小贩，因禁赌而杀死过打牌的人。在治河改地、植树造林和修筑公路等工程中，凡不符合要求者，即以棍责或罚款处之，即使一些上层人物触犯他的统治，亦不例外。如内乡师范校长胡公岑、县视学张楣皋和教育局长秦弼臣，均被他谋害。为掩人耳目，还佯称被土匪杀死，亲自到灵前哭悼。李官桥曹忠等六人因不堪忍受别的残酷统治，联名到开封告状，也为别所谋杀。

别廷芳曾视共产党为寇仇而欲斩尽杀绝。民国18年（1929年）10月，因发现内乡师范有共产党活动，他亲带团丁到校捕杀贾殿一、刘明煊等10名中共地下党员和进步人士。民国20年1月，杀害内乡第一任中共县委书记马华敏；民国21年和民国23年，又几次带兵配合国民党部队堵截徐向前、贺龙和程子华、徐海东等率领的过路红军部队，杀害红军战士百余人；民国23年至民国26年，又将参加宛西暴动的中共地下党员吴怀三、张国玺、薛天义等多人杀害。

抗日战争全面爆发后，别任宛属十三县联防司令。当时，别廷芳拥有人枪二十余万，其势力“东达桐泌，西至商洛，南抵均光，北入嵩卢”，成为鄂豫陕边一支举足轻重的地方武装。民国26年10月，中共南阳特支负责人郭以清、袁宝华筹建的“宛属平津同学会”正式成立时，别廷芳参加大会，发表讲话，支持抗日。11月，别又派武装力量护送同情共产党的南召自治派首领李益闻，回南召主持地方自治和抗日救亡活动。民国27年夏，蒋介石在武汉亲自召见别廷芳，对他备加慰勉。国民党政府遂委别为河南省第六区国民抗战自卫军司令。别回乡后对其子别瑞玖说：“蒋介石外宽内忌，我们同他终有一战”。与此同时，别廷芳看到中国共产党连续发出的抗战通电和宣言，尤其当他看到八路军首战平型关大捷的消息后，对共产党有了新的认识。当时，中共河南省委也积极对别进行统战工作。6月，中共河南省委统战委员会副主任委员刘贯一，奉彭雪枫指示，到内乡与别联系，受到别的款待。别曾表示：愿意和共产党合作抗日，并派一团武装驻确山县竹沟新四军八团队留守处附近，联合防匪。此后，别廷芳曾支持中共地下组织及其他进步组织的一些抗日救亡活动。

民国28年（1939年）夏，日军由湖北随、枣二县分路北犯。同年5月，日军窜陷新野县，继而进犯唐河县。别廷芳乃调集内乡、南阳、新野、邓县、镇平、淅川等县精锐民团七千余人，配合国民党第二集团军英勇作战，大破日军，毙伤敌千余。因别抗日有功，国民党中央军事委员会曾授于他“陆海空军一等奖章”。

民国29年（1940年）2月初，第一战区司令长官兼河南省主席卫立煌电令别廷芳到洛阳开会，欲加扣留，因得河南省银行行长李汉珍等人从中周旋而得救，但却遭到汤恩伯等人的讥讽和攻击。别回西峡口后即一病卧床不起，民国29年3月14日呕血而死。